เมื่อพระบิดาเสด็จสวรรคาลัย ยโศวรรมันที่ 1 กับพระเชษฐาหรือพระอนุชา ทรงรบกันชิงบัลลังก์ รบรากันทั้งทางบกและทางน้ำในทะเลสาบเขมร (ទន្លេសាប ทนฺเลสาบ) สงครามยุติด้วยชัยชนะของยโศวรรมันที่ 1 แต่เพราะพระบิดาเคยรับสั่งห้ามยโศวรรมันที่ 1 สืบราชสมบัติ ตามที่ปรากฏในจารึกหลายหลัก ยโศวรรมันที่ 1 จึงทรงเลี่ยงการอ้างสิทธิทางพระบิดาซึ่งเป็นเชื้อสายพระเจ้าชัยวรรมันที่ 2 ผู้สถาปนาพระนคร ไปอ้างสิทธิทางพระมารดาซึ่งเป็นเชื้อสายบูรพกษัตริย์แห่งอาณาจักรฟูนันและอาณาจักรเจนละแทน[6]