ในวัยชรา พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 6 ทรงประสบกับปัญหาเรื่องการสืบทอดบัลลังก์[21] แบร์ตาสิ้นพระชนม์ในปลายปี ค.ศ. 1099 โดยไม่มีทายาทให้พระองค์ หลังจากนั้นไม่นานอัลฟอนโซอภิเษกสมรสกับอิซาเบลที่มีพระธิดาให้พระองค์สองคน แต่ไม่มีพระโอรส[18]

การตายของซันโช บุตรชายนอกสมรสของกษัตริย์กับซาอีดะฮ์ ในยุทธการที่อูเกลสในวันที่ 29 พฤษภาคม ค.ศ. 1108 ทำให้พระเจ้าอัลฟอนโซไม่เหลือทายาทเพศชายแม้แต่คนเดียว พระองค์จึงเลือกอูร์รากา พระธิดาที่ถูกต้องตามกฎหมายคนโตเป็นผู้สืบทอดบัลลังก์ แต่ก็ตัดสินใจที่จะจับอูร์รากาแต่งงานกับคู่อริและนักรบผู้โด่งดัง คือ พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 1 แห่งอารากอนและนาวาร์ ในฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1108[22] แม้การแต่งงานจะเกิดขึ้นในปีต่อมาแต่ก็ไม่ได้นำมาซึ่งเสถียรภาพ แต่กลับก่อให้เกิดสงครามกลางเมืองอันยาวนานที่ดำเนินอยู่แปดปี