เมื่อกษัตริย์คริสตอฟเฟอร์ที่ 1 พระราชบิดาของพระองค์ถูกลอบปลงพระชนม์ในปี 1259 เจ้าชายอีริคยังทรงพระเยาว์เกินกว่าที่จะทรงปกครองด้วยสิทธิ์ของพระองค์เอง ราชสำนักเดนมาร์กจึงแต่งตั้งสมเด็จพระราชินีมาร์เกเรเธ ซัมบีเรีย พระราชมารดาของพระองค์เป็นผูสำเร็จราชการแทนพระองค์ พระนางมาร์เกเรเธเป็นธิดาในซัมบอร์ที่ 2 ดยุกแห่งพอเมอเรเนียกับเม็ชทิลท์แห่งเมคเลินบวร์ค พระนางมาร์เกเรเธเป็นสตรีผู้ชาญฉลาดและทรงปัญญา พระนางทรงพยายามอย่างยิ่งในการต่อสู้เพื่อให้พระราชโอรสได้นั่งราชบัลลังก์จากการท้าทายของศัตรูผู้ทรงอำนาจอย่างอาร์กบิชอปแห่งลุนด์ คือ จาค็อบ เออลันด์เซน (ราวค.ศ. 1220-1274) และเจ้าชายอีริค พระโอรสในกษัตริย์อเบลซึ่งดำรงตำแหน่งดยุกแห่งชเลสวิกตั้งแต่ปี 1260 จนกระทั่งสิ้นพระชนม์ในปีค.ศ. 1272 อาร์กบิชอปเออลันด์เซนประกาศขับไล่บิชอปที่ประกอบศีลเจิมให้ยุวกษัตริย์ที่ 5 เป็นพระมหากษัตริย์เดนมาร์กออกจากศาสนา ส่วนดยุกอีริคก็เป็นพระนัดดาของกษัตริย์คริสตอฟเฟอร์ที่ 1 เป็นพระโอรสในกษัตริย์รัชกาลก่อน พระองค์จึงเริ่มขัดแย้งต่อพระมหากษัตริย์พระองค์ใหม่[3][4]

ยาโรมาร์ที่ 2 เจ้าชายแห่งรือเกิน (ราวค.ศ. 1218-1260) อาศัยโอกาสในช่วงวุ่นวายนี้ระดมพลชาวเวนด์บุกเกาะเชลลันด์ สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์เกเรเธทรงระดมกองทัพต่อต้านแต่ก็พ่ายแพ้อย่างสิ้นเชิงในปีค.ศ. 1259 ใกล้ริงสเต็ด ยาโรมาร์เข้าโจมตีและปล้นสะดมโคเปนเฮเกนในปลายปีนั้น จากนั้นเขาวางแผนบุกสคาเนียเป็นลำดับต่อไป แต่โชคร้ายเขาต้องพบเจอกับความโกรธเกรี้ยวของภรรยาชาวนาที่เสียชีวิต นางชาวนาพุ่งเอามีดแทงยาโรมาร์สิ้นชีวิตทันที ชาวเวนด์เสียขวัญจึงหนีกลับไปยังรือเกิน[5]

ดยุกอีริคเห็นว่าสมเด็จพระพันปีหลวงผู้เป็นอาสะใภ้พ่ายแพ้ชาวเวนด์จึงคิดว่าพระนางอ่อนแอ ดยุคอีริคจึงทรงก่อกบฏ สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์เกเรเธจึงระดมพลยกทัพบุกจัตแลนด์ก่อนที่ดยุกจะเคลื่อนพล พระนางทรงบดขยี้กองทัพของดยุก และดยุกจึงทรงพยายามเจรจาไกล่เกลี่ยกับพระนาง แต่พระองค์ก็ลอบติดต่อให้พันธมิตรทางเยอรมนีตอนเหนือเข้าช่วยกำจัดกองทัพหลวงเดนมาร์ก กองกำลังผสมสามารถกำจัดกองทัพของพระนางมาร์เกเรเธได้ในปีค.ศ. 1261 ณ สมรภูมิลอเฮเดอ ทางตอนใต้ของเดเนอไวค์ในชเลสวิก-ฮ็อลชไตน์ พระนางและกษัตริย์อีริค พระโอรสถูกจับคุมขังและทรงถูกบังคับให้มอบดินแดนของราชวงศ์ทางตอนใต้ของจัตแลนด์ให้ดยุกเพื่อแลกกับการปล่อยตัว[6]

ในปีค.ศ. 1260 สมเด็จพระพันปีหลวงทรงปล่อยตัวอาร์กบิชอปเออลันด์เซนออกจากคุก โดยทรงคาดว่าเขาจะซาบซึ้งในพระกรุณา แต่เขากลับไปออกประกาศโทษต้องห้ามไปทั่วเดนมาร์กบีบบังคับให้สมเด็จพระพันปีหลวงและกษัตริย์อีริค พระราชโอรสต้องสละราชบัลลังก์ ในปีค.ศ. 1263 สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์เกเรเธทรงมีพระราชสาส์นถึงสมเด็จพระสันตะปาปาเออร์บันที่ 4 เพื่อทูลขอให้พระองค์แทรกแซงการกระทำของอาร์กบิชอปเออลันด์เซน หลังจากที่สมเด็จพระสันตะปาปาทรงตอบเป็นนัยอย่างคลุมเครือ ในที่สุดพระองค์ก็ตกลงที่จะทำตามพระประสงค์ของสมเด็จพระพันปีหลวงหลายประการ พระองค์ทรงออกประกาศเปลี่ยนแปลงการสืบราชสันตติวงศ์ของเดนมาร์กซึ่งอนุญาตให้สตรีสามารถครองบัลลังก์ได้ เป็นความพยายามครั้งสุดท้ายของพระนางที่จะกีดกันพวกราชตระกูลอเบลและพวกของเม็ชทิลท์แห่งฮ็อลชไตน์ อดีตพระราชินีขึ้นสู่ราชบัลลังก์เดนมาร์ก และความพยายามครั้งนี้เปิดโอกาสให้พระขนิษฐาของกษัตริย์อีริคที่ 5 สามารถครองราชบัลลังก์เดนมาร์กได้หากกษัตริย์อีริคที่ 5 สวรรคตก่อนที่จะมีทายาท[7] แม้ว่าพระองค์ทรงมีพระราชสาสน์ตกลงตามพระพันปีหลวงนี้ แต่พระองค์ก็ไม่ได้ออกประกาศมาอย่างเป็นทางการ แต่สุดท้ายแล้วเจ้าชายอีริค พระราชโอรสในกษัตริย์อีริคที่ 5 ก็ได้สืบราชบัลลังก์ต่อจากพระราชบิดาต่ออยู่ดี