พระเจ้าเซโจทรงเห็นกษัตริย์พระองค์ก่อนเป็นตัวอย่างของการที่กษัตริย์ตกอยู๋ใต้อำนาจของขุนนาง พระเจ้าเซโจเชื่อว่ากษัตริย์ได้รับอาณัติจากสวรรค์ให้มาปกครองประชาชน[2] จึงทรงพยายามขยายอำนาจของกษัตริย์มิให้ถูกจำกัดโดยพวกขุนนาง ทันทีหลังจากขึ้นครองราชสมบัติ ทรงยุบสภาอีจอง หรือสภาองคมนตรี (의정부, 議政府) อันเป็นสภาสูงสุดรองจากกษัตริย์ และทรงนำเอาหกกระทรวง (육조, 六曹) เข้ามาควบคุมโดยตรง

พระเจ้าเซโจทรงกักขังแทซังวังเอาไว้ในพระราชวังเพื่อจับตาดูอย่างใกล้ชิด ขณะที่ขุนนางทั้งหลายในจีพยอนจอนต่างพากันเห็นพ้องต้องกันว่าการยึดอำนาจของพระเจ้าเซโจนั้นเป็นไปโดยขาดความชอบธรรมโดยสิ้นเชิง และวางแผนก่อการกบฏเพื่อยึดอำนาจคืนให้กับแทซังวัง คณะผู้ก่อการประกอบด้วยขุนนางหกคน ในค.ศ. 1456 ราชทูตราชวงศ์หมิงมาเยือนขุนนางทั้งหกจึงพยายามจะใช้โอกาสนี้ในการยึดอำนาจ[3]แต่ไม่สำเร็จถูกพระเจ้าเซโจทรงจับได้ พระเจ้าเซโจทรงให้ประหารขุนนางทั้งหก ซึ่งต่อมาได้รับการยกย่องเป็น ขุนนางผู้พลีชีพทั้งหก (사육신, 死六臣) รวมทั้งครอบครัวและผู้เกี่ยวข้องเป็นการสังหารหมู่ที่โหดร้าย และทำให้พระเจ้าเซโจทรงตัดสินพระทัยยุบจีพยอนจอน อันเป็นที่ซ่องสุมของขุนนางที่ต่อต้านพระองค์ไปเสีย และต่อมาในค.ศ. 1457 ทรงให้ลดพระเกียรติยศของแทซังวังลงเป็นเจ้าชายโนซาน (노산군, 魯山君) และเนรเทศไปมณฑลคังวอน รวมทั้งปลดพระราชมารดาของเจ้าชายโนซานที่สิ้นพระชนม์ไปแล้วคือพระนางฮย็อนดอก (현덕왕후, 顯德王后) ออกจาตำแหน่ง เพราะวิญญาณของนางตามหลอกหลอนองค์รัชทายาทพระโอรสของพระเจ้าเซโจ จนประชวรและสิ้นพระชนม์ ได้รับพระนามว่ารัชทายาทอีกยอง (의경세자, 懿敬世子)

เหตุการณ์การกบฏของหกขุนนางทำให้เกิดกลุ่มนักปราชญ์ขึ้นมาใหม่ คือ นักปราชญ์กลุ่มซาริม (사림파, 士林派) คือ กลุ่มขุนนางที่ถูกเนรเทศและกีดกันจากวงราชการด้วยภัยทางการเมือง หรือเลือกที่จะจงรักภักดีต่อกษัตริย์พระองค์เดียว อาศัยอยู่ตามป่าเขาอันห่างไกลตำหนิราชสำนักเรื่องการบริหารบ้านเมืองต่างๆ เช่น กลุ่มขุนนางผู้รอดชีวิตทั้งหก (생육신, 生六臣) ซึ่งยึดหลักไม่รับใช้สองเจ้า (불사이군, 不事二君) ขณะที่ในราชสำนักขุนนางที่สนับสนุนพระเจ้าเซโจในการขึ้นครองบัลลังก์เช่น ฮันมยองฮี และ ชินซุกจู (신숙주, 申淑舟) เรืองอำนาจ เรียกว่า กลุ่มขุนนางเก่า หรือฮุนกู (훈구파, 勳舊派) และในอนาคตขุนนางกลุ่มซาริมจะพยายามกลับคืนเข้าสู่ราชสำนักอีกครั้ง ทำให้ประวัติศาสตร์เกาหลีในอีกหนึ่งร้อยปีข้างหน้าเป็นเรื่องของการพยายามกลับคืนสู่ราชการของขุนนางซาริมและการต่อต้านจากกลุ่มขุนนางเก่า

ในค.ศ. 1457 พระเจ้าเซโจโปรดให้พิมพ์หนังสือเรื่อง กระจกสะท้อนอาณาจักรตะวันออก (동국통감, 東國通鑑) เกี่ยวกับประวัติศาสตร์เกาหลีตั้งแต่สมัยของทันกุนจนถึงราชวงศ์โครยอ พระอนุชาของพระเจ้าเซโจอีกองค์ คือ เจ้าชายคึมซอง (금성대군, 錦城大君) วางแผนก่อการกบฏยึดราชบัลลังก์คืนให้เจ้าชายโนซาน แต่ก็อีกครั้งที่พระเจ้าเซโจทรงจับได้ ทรงประทานยาพิษแก่เจ้าชายคึมซองและทำให้พระองค์ตัดสินพระทัยกำจัดเสี้นหนามสุดท้าย คือ เจ้าชายโนซาน ดื่มยาพิษพระราชทานสิ้นพระชนม์ไปด้วยพระชนมายุเพียงสิบเจ็ดชันษา

หลังจากที่ถูกกดขี่มาตั้งแต่รัชสมัยของพระเจ้าแทจง ศาสนาพุทธในเกาหลีก็ได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งในรัชสมัยของพระเจ้าเซโจ พระเจ้าเซโจทรงเลื่อมใสศรัทธาในพระพุทธศาสนา ทรงจัดตั้งสำนักจัดพิมพ์พระไตรปิฎก (간경도감, 刊經都監) ขึ้นในค.ศ. 1460 เพื่อรวบรวมและพิมพ์พระไตรปิฎกภาษาเกาหลี (ไตรปิฏก โคเรียนะ) และยังทรงสร้างวัดวอนกัก (원각사, 圓覺寺) อันเป็นที่อยู่ของคิมชีซึบ (김시습, 金時習) นักปรัชญาพระพุทธศาสนาคนสำคัญในรัชสมัยของพระเจ้าเซโจและเป็นหนึ่งในกลุ่มขุนนางผู้รอดชีวิตทั้งหก

พระกรณียกิจที่สำคัญที่สุดของพระเจ้าเซโจคือ การชำระกฎหมายใหม่ประจำอาณาจักร เรียกว่า คยองกุงแดจอน (경국대전, 經國大典) โดยเริ่มชำระเมื่อค.ศ. 1460 เสร็จสิ้นในรัชสมัยของพระเจ้าซองจง

เมื่อค.ศ. 1467 การรวมรวบอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางทำให้เกิดความไม่พอใจแก่ขุนนาง เกิดกบฏของลีชีแอ (이시애, 李施愛) ขึ้นที่มณฑลฮัมกยองเพื่อยกเจ้าชายควีซอง (구성군, 龜城君 พระโอรสของเจ้าชายอิมยอง พระอนุชาอีกพระองค์ของพระเจ้าเซโจ) ขึ้นบัลลังก์แทน แต่พระเจ้าเซโจก็ทรงสามารถส่งทัพเข้าปราบได้ ปีต่อมาค.ศ. 1468 พระเจ้าเซโจประชวรสวรรคต เจ้าชายแฮยาง (해양대군, 海陽大君) ซึ่งได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าชายรัชทายาทแทนเจ้าชายอีคยอง ขึ้นครองราชสมบัติต่อเป็นพระเจ้าเยจง (예종, 睿宗) พระเจ้าเซโจมีพระสุสานชื่อว่า ควางนึง (광릉, 光陵) และได้รับพระนามว่า พระเจ้าชินจง (신종, 神宗) แต่ภายหลังในรัชสมัยของพระเจ้าเยจงได้รับพระนามใหม่เป็น พระเจ้าเซโจ