พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 เสด็จพระราชสมภพในโตเลโด ราชอาณาจักรกัสติยา เป็นพระโอรสของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 7 แห่งเลออนและกัสติยากับบารังเกราจากตระกูลบาร์เซโลนา เมื่อพระบิดาสิ้นพระชนม์ พระองค์ได้เลออนและกาลิเซีย ขณะที่พระเชษฐา ซันโช ได้กัสติยาและโตเลโด[1] พระเจ้าเฟร์นันโดมีชื่อเสียงด้านการเป็นอัศวินฝีมือดีและนักสู้ตัวฉกาจ แต่ไม่ได้โดดเด่นในด้านการเมืองและศักยภาพในการจัดวางระบบ

ในปีแรกของการเป็นกษัตริย์ เวลาส่วนใหญ่ของพระองค์หมดไปกับการทะเลาะเบาะแว้งกับขุนนางผู้ทรงอำนาจและการถูกรุกรานโดยพระเจ้าซันโชที่ 3 พระเชษฐา[2] ในปี ค.ศ. 1158 สองพี่น้องเผชิญหน้ากันที่ซาอากุน และแก้ไขปัญหาเรื่องมรดกได้อย่างสันติ ทว่าในปีเดียวกันนั้นพระเจ้าซันโชสิ้นพระชนม์ พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 8 พระโอรสน้อยของพระองค์สืบทอดตำแหน่งต่อ ขณะที่พื้นที่ส่วนใหญ่ของกัสติยาอยู่ในการครอบครองของพระเจ้าเฟร์นันโด[3] ปัญหาชายแดนกับกัสติยาเริ่มต้นขึ้นอีกครั้งในปี ค.ศ. 1164 พระองค์ได้พบปะกับตระกูลลารา ผู้แทนพระองค์ของพระเจ้าอัลฟอนโซที่โซเรีย มีการทำสัญญาสงบศึก แล้วพระองค์ก็หันไปต่อกรกับกลุ่มมุสลิมอัลโมราวิดที่ยังคงครองพื้นที่ส่วนใหญ่ของสเปนใต้และสามารถยึดนครอัลกันตาราและอัลบูร์เกร์เกได้ ในปีเดียวกันพระเจ้าเฟร์นันโดปราบพระเจ้าอาฟงซูที่ 1 แห่งโปรตุเกสที่เมื่อปี ค.ศ. 1163 ได้ยึดซาลามังกาเพื่อตอบโต้กษัตริย์แห่งเลออนที่มีคำสั่งให้ส่งพลเมืองกลับเข้าไปอาศัยในพื้นที่

ในปี ค.ศ. 1165 พระองค์อภิเษกสมรสกับอูร์รากา พระธิดาของพระเจ้าอาฟงซูแห่งโปรตุเกส ทว่าไม่ได้ช่วยให้การแก่งแย่งชิงดีกับโปรตุเกสสิ้นสุดลง ในปี ค.ศ. 1168 การส่งพลเมืองกลับไปอยู่ที่ซิวดัดโรดริโกทำให้พระเจ้าอาฟงซูรู้สึกถูกคุกคามอีกครั้ง พระองค์จึงโจมตีกาลิเซีย ยึดเมืองตุยและชินโซเดลิเมีย อดีตที่ดินศักดินาของพระมารดา ทว่าในตอนที่กองทหารของพระองค์กำลังปิดล้อมป้อมบาดาโฆซของชาวมุสลิม พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 ก็สามารถผลักดันชาวโปรตุเกสออกไปจากกาลิเซียได้และรีบมุ่งหน้าไปบาดาโฆซ เมื่อพระเจ้าอาฟงซูเห็นชาวเลออนมาถึง พระองค์ได้พยายามหนี แต่ไม่สามารถทำได้ด้วยขาของพระองค์หักเนื่องจากตกจากหลังม้า ทรงถูกจองจำที่ประตูเมืองแห่งหนึ่ง พระเจ้าอาฟงซูถูกบังคับให้ยอมแพ้โดยจ่ายค่าไถ่ตัวเป็นพื้นที่เกือบทั้งหมดของกาลิเซียที่ทรงพิชิตมาได้เมื่อปีก่อนหน้า ในสนธิสัญญาสันติภาพที่ลงนามที่โปนเตแบดราในปีต่อมา พระเจ้าเฟร์นันโดได้ปราสาท 25 แห่งกับนครกาเซเรส, บาดาโฆซ, ตรูฆิโย, ซานตากรุซ และมอนตันเชซที่เลออนเคยเสียไปกลับคืนมา ในปีเดียวกันเมื่อกลุ่มอัลโมราวิดปิดล้อมโจมตีนครซังตาไรของโปรตุเกส พระเจ้าเฟร์นันโดได้มาช่วยพระสสุระปลดปล่อยนครจากภยันตราย

ในปี ค.ศ. 1175 สมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 3 ประกาศให้การแต่งงานของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 3 กับอูร์รากาแห่งโปรตุเกสเป็นโมฆะด้วยเหตุผลว่าเป็นการร่วมประเวณีกันระหว่างญาติใกล้ชิด กษัตริย์อภิเษกสมรสใหม่กับเตเรซา เฟร์นันเดซ เด ตราบา บุตรสาวของเคานต์เฟร์นันโด เปเรซ เด ตราบา ซึ่งเป็นภรรยาม่ายของเคานต์นุญโญ เปเรซ เด ลารา ในปี ค.ศ. 1178 สงครามกับกัสติยาอุบัติขึ้น เฟร์นันโดสร้างความแปลกใจให้แก่พระภาคิยะ พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 8 ด้วยการยึดกัสโตรเฆริซกับดูเอญญัสซึ่งเคยเป็นดินแดนของสามีคนแรกของเตเรซา สงครามสงบลงในปี ค.ศ. 1180 ด้วยสนธิสัญญาสันติภาพตอร์เดซิยัส ในปีเดียวกันเตเรซา พระมเหสีของพระองค์สิ้นพระชนม์ขณะกำลังทรงครรภ์พระโอรสคนที่สอง

ในปี ค.ศ. 1184 หลังจากความพยายามที่ไม่ประสบความสำเร็จหลายครั้ง กาหลิบอะบู ยะอ์กูบ ยูซุฟของกลุ่มอัลโมฮัดบุกโปรตุเกสด้วยไพร่พลที่เกณฑ์มาจากแอฟริกาเหนือ และในเดือนพฤษภาคมได้ปิดล้อมพระเจ้าอาฟงซูที่ 1 ไว้ในซังตาไร ชาวโปรตุเกสได้รับการช่วยเหลือจากกองทัพที่อาร์ชบิชอปแห่งซานเตียโกเดกอมโปสเตลาและกองทัพที่พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 ส่งมาในเดือนกรกฎาคม

ในปี ค.ศ. 1185 พระเจ้าเฟร์นันโดอภิเษกสมรสครั้งที่สามกับอูร์รากา โลเปซ เด อาโร บุตรสาวของโลเป ดิอัซ ลอร์ดแห่งบิซกายา, นาเฆรา และอาโร ซึ่งเป็นภรรยาลับของพระองค์มาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1180 อูร์รากาพยายามทำให้อัลฟอนโซที่ 9 พระโอรสคนแรกของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 ถูกประกาศว่าเป็นบุตรนอกกฎหมายเพื่อเปิดทางให้ซันโช พระโอรสของตนเอง แต่ไม่เป็นผล

พระเจ้าเฟร์นันโดสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1188 ที่เบนาเบนเต ขณะกำลังเดินทางกลับจากการแสวงบุญไปซานเตียโกเดกอมโปสเตลา พระศพของพระองค์ถูกฝังในอาสนวิหารซานเตียโกเดกอมโปสเตลา