สารประกอบพอลิคีไทด์ (อังกฤษ: polyketide) เป็นกลุ่มของสารประกอบเคมีที่เกิดขึ้นเองในธรรมชาติ (natural product) สามารถพบได้ทั้งใน พืช รา และ แบคทีเรีย สารประกอบพอลิคีไทด์นั้นเป็นสารประกอบที่มีหมู่คาร์บอนนิลหลายหมู่ในโมเลกุล ได้รับความสนใจค้นคว้าเนื่องจากสารประกอบจำพวกนี้มีคุณสมบัติทางชีวภาพหลายประการ อย่างเช่น มีคุณสมบัติในการฆ่าเชื้อโรค และต่อต้านเนื้องอก สารประกอบพอลิคีไทด์ที่พบในธรรมชาติสามารถแบ่งได้เป็น[1] 1. สารประกอบจำพวก อะโรมาติก (aromatics) 2. สารประกอบจำพวก แมคโครีด (macrolides) 3. ลารประกอบจำพวก พอลิอีเธอร์ (polyethers) และ 4. สารประกอบจำพวก พอลิอีนน์ (polyenes)