พะยูนเป็นสัตว์ที่ทำให้นักเดินเรือในยุคกลางเชื่อว่าคือ นางเงือก เนื่องจากแม่พะยูนเวลาให้นมลูกมักจะกอดอยู่กับอกและตั้งฉากกับท้องทะเล ทำให้แลเห็นในระยะไกลคล้ายผู้หญิงอยู่ในน้ำ พะยูนมีชื่อเรียกในภาษามลายูถิ่นว่า "ดูหยง" แปลว่า "หญิงสาว"[6] หรือ "ผู้หญิงแห่งท้องทะเล"[11] มีนิทานพื้นบ้านเล่าว่า พะยูนเดิมเป็นผู้หญิงที่ตั้งครรภ์และอยากกินหญ้าทะเล ผู้เป็นสามีจึงไปนำหญ้าทะเลมาให้ แต่ว่ายังไม่พอใจจึงลงไปกินหญ้าทะเลเองในน้ำ เมื่อน้ำทะเลขึ้น ก็กลายเป็นพะยูนไป และได้ให้สัญญากับสามีว่า หากต้องการพบให้ปักเสาไม้ลงไปหนึ่งเสา และจะมาที่เสานี้ตามที่เรียก[10]

มีความเชื่อว่า ทั้งเนื้อ กระดูก และเขี้ยวพะยูน มีคุณสมบัติทางเมตตามหานิยม เขี้ยวพะยูนมีชื่อเรียกเฉพาะในแวดวงการค้าในตลาดมืดว่า "งาช้างน้ำ" ทั้งเขี้ยวและกระดูกพะยูนมีราคาซื้อขายที่แพงมาก โดยมักนำไปทำเป็นหัวแหวน เหมือนกับหนามปลากระเบน[10] นอกจากนี้แล้วยังเชื่อว่าน้ำตาพะยูนและเขี้ยวพะยูนมีอำนาจทำให้เพศตรงข้ามลุ่มหลงคล้ายน้ำมันพรายซึ่งเป็นความเชื่อที่ผิดและไม่ควรทำตามอย่างยิ่ง เพราะไม่สามารถเป็นจริงได้ [12]