ในเหตุการณ์ความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ที่มัสยิดกรือเซะเมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 ที่ทางทหารไทยได้สังหารผู้ก่อความไม่สงบที่หลบไปซ่อนอยู่ในมัสยิดเสียชีวิตทั้งหมด 33 ศพนั้น พล.อ.พัลลภ ในฐานะผู้อำนวยการเหตุการณ์ครั้งนั้นถูกมองว่ากระทำการรุนแรงเกินกว่าเหตุ ซึ่งต่อมาทาง พล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ ได้ออกมาแสดงท่าทีปกป้องการทำหน้าที่ครั้งนี้ของ พล.อ.พัลลภ และได้ให้ฉายา พล.อ.พัลลภว่า"แมคอาเทอร์เมืองไทย"[5][6]