บทบาทของ พล.อ.พัลลภ ปิ่นมณี ในวิกฤตการณ์การเมืองในประเทศไทย พ.ศ. 2548-2553 นั้น แบ่งออกได้เป็น 2 ช่วง ช่วงแรกในระหว่างที่ทางกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยชุมนุมกันอยู่ในทำเนียบรัฐบาล เมื่อกลางปี พ.ศ. 2551 นั้น หลังจากที่ทางกลุ่มพันธมิตรฯได้บุกยึดทำเนียบรัฐบาลแล้วในวันที่ 26 สิงหาคม มีความเป็นไปได้ว่า พล.ต.จำลอง ศรีเมือง แกนนำของพันธมิตรฯอาจถูกจับ ซึ่งในกรณีนี้ พล.อ.พัลลภได้กล่าวไว้ว่า หาก พล.ต.จำลอง ถูกจับเมื่อใด ตนจะขอเป็นแกนนำรุ่นที่ 2 เอง โดยทั้งหมดนี้มิได้เคยสัญญากันมาก่อน แต่เป็นสัญญาใจระหว่างเพื่อน[14]

แต่หลังจากนั้นมา พล.อ.พัลลภก็มีท่าทีเปลี่ยนไป โดยหันไปสนับสนุนฝ่าย พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร มีข่าวคราวว่าได้เดินทางไปพบ พ.ต.ท.ทักษิณ ที่ต่างประเทศหลายต่อหลายครั้ง รวมทั้งได้เข้าสมัครเป็นสมาชิกพรรคเพื่อไทย

ในต้นเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2553 พล.อ.พัลลภ ได้เปิดแถลงข่าวว่า จะขอจัดตั้งกองทัพประชาชนเพื่อประชาธิปไตยขึ้นต่อสู้ แทนที่จะเป็นกลุ่มแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ แดงทั้งแผ่นดิน (นปก.) โดยจะให้ พล.อ.ชวลิต เป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุด แต่ว่าแนวคิดนี้ได้ถูกปฏิเสธอย่างสิ้นเชิงจากสังคมหรือแม้แต่ฝ่ายแนวร่วมของนปก.เองก็ตาม เช่น นายจตุพร พรหมพันธุ์ หรือ นายจาตุรนต์ ฉายแสง เป็นเหตุให้ พล.อ.พัลลภมีวิวาทะกับนายจตุพร และได้ประกาศขอยุติบทบาทในส่วนนี้ไป[15]

ในเดือน มีนาคม พ.ศ. 2557 เขามีบทบาทในการนำกลุ่มแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ เปิดรับสมัครสมาชิกเป็นการ์ดอาสาสมัครพิทักษ์ประชาธิปไตยแห่งชาติ ใช้เคลื่อนไหวทางการเมืองในภาคอีสานที่ จ.มหาสารคาม[16]

ต่อมาในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 เขาได้สมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคเพื่อไทย ลำดับที่ 34[17] แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง เนื่องจากพรรคเพื่อไทยมีจำนวนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมากกว่าจำนวนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรพึงมีตามที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญ