พายุลินดาทำให้เกิดฝนตกหนักถึงหนักมากต่อเนื่องหลายวัน เกิดน้ำท่วมฉับพลัน น้ำป่าไหลหลาก บริเวณประจวบคีรีขันธ์ เพชรบุรี สมุทรสงคราม ราชบุรี และกาญจนบุรี โดยเฉพาะจังหวัดประจวบคีรีขันธ์มีลมพัดแรงจัดจนบ้านเรือนเสียหายและต้นไม้ โค่นล้มในหลายอำเภอ[1] ส่งผลกระทบต่อประชาชน 461,263 คนมีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 9 คน สูญหาย 2 คน บาดเจ็บ 20 คน บ้านเรือนได้รับความเสียหาย 9,248 หลัง ถนนเสียหาย 1,223 แห่ง ฝาย-ทำนบเสียหาย 40 แห่ง สะพานชำรุด 20 แห่ง สาธารณประโยชน์ 58 แห่ง มูลค่าความเสียหายรวม 213,054,675 บาท[4] นอกจากนี้ยังมีคลื่นพายุซัดฝั่ง ซัดเรือประมงอับปางกว่า 50 ลำ[5]

จากการวิจัยแบบจำลองการพยากรณ์แนวทางเดินของพายุหมุนเขตร้อนที่เกิดขึ้นในมหาสมุทรแปซิฟิก และส่งผลกระทบต่อประเทศไทยตลอดระยะเวลากว่า 40 ปีที่ผ่านมา พบพายุไต้ฝุ่นเพียง 2 ลูกเท่านั้นที่ผ่านเข้ามาในบริเวณอ่าวไทย คือ พายุไต้ฝุ่นเกย์ และพายุไต้ฝุ่นลินดา[6]