แม้ว่าจะไม่ทราบถึงความเสียหายทางเศรษฐกิจที่เกิดขึ้นทั้งหมด แต่ความเสียหายนั้นเป็น "ปรากฏการณ์" ในทุกพื้นที่ที่พายุแนนซีเข้าปะทะ เจ้าหน้าที่ของรัฐบาลญี่ปุ่นยืนยันว่ามีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 194 คนและ 8 คนสูญหาย

กวม

บน เกาะกวม พืชผลครึ่งหนึ่งถูกทำลายเนื่องจากลมและฝนตกหนัก รวมมูลค่าความเสียหาย 40,000 ดอลลาร์ (USD; ค่าเงินปี พ.ศ. 2504) ความเสียหายส่วนมากเกิดขึ้นกับถนนบนเกาะ ความเสียหายส่วนใหญ่อยู่ทางใต้สุดของเกาะ ไม่มีรายงานผู้เสียชีวิตในกวม

ประเทศญี่ปุ่น

ในประเทศญี่ปุ่น ตามรายงานยืนยันอย่างเป็นทางการจากหน่วยดับเพลิงและการจัดการภัยพิบัติญี่ปุ่น รายงานว่ามีผู้เสียชีวิต 194 รายสูญหาย 8 รายและบาดเจ็บ 4,972 ราย ยอดเหล่านี้ทำให้ในเวลานั้นไต้ฝุ่นแนนซีเป็นไต้ฝุ่นที่อันตรายเป็นอันดับหกที่เข้าปะทะญี่ปุ่น คำเตือนที่รวดเร็วและการเตรียมการที่ดี เป็นสาเหตุที่มีจำนวนผู้เสียชีวิตที่ค่อนข้างต่ำ ความเสียหายนั้น "น้อย" เมื่อเทียบกับไต้ฝุ่นลูกอื่น ๆ ที่ส่งผลกระทบต่อพื้นที่ที่ประชากรหนาแน่นของญี่ปุ่น

ชีวิตของผู้คนหลายแสนคนได้รับผลกระทบ ซูเปอร์ไต้ฝุ่นแนนซีทำลายบ้านเรือน 11,539 หลัง เสียหาย 32,604 หลังคาเรือนและน้ำท่วมอีก 280,078 แห่ง แม้ว่าจำนวนที่ยืนยันอาจไม่แน่นอน หนังสือพิมพ์ Stars and Stripe รายงานเมื่อปลายเดือนกันยายน พ.ศ. 2504 ว่าเรือโดยเฉพาะเรือประมงมากกว่า 1,056 ลำถูกจมหรือถูกพัดขึ้นฝั่ง

น้ำท่วมทำให้สะพานจำนวน 566 แห่งเสียหาย และทำให้เกิดแผ่นดินถล่ม 1,146 แห่ง ถนนถูกทำลายไปทั้งหมด 2,053 แห่ง ความเสียหายที่โอซากะ มีจำนวนถึง 500 ล้านดอลลาร์สหรัฐ (ค่าเงินปี พ.ศ. 2504)[3]