ปัจจุบัน พิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภา ดำเนินการในรูปแบบคณะกรรมการ ซึ่งมาจากผู้บริจาคโบราณวัตถุ และศิลปวัตถุ ให้กับทางพิพิธภัณฑ์นับร้อยคน เพื่อเน้นกระบวนการมีส่วนร่วม และการสานเสวนาเพื่อการพัฒนาพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นอย่างสร้างสรรค์ โดยมาจากการแต่งตั้งของเจ้าอาวาสวัดคุ้งตะเภา ตามคำสั่งเจ้าอาวาสวัดคุ้งตะเภา ที่ 2/2555 เรื่อง จัดตั้งพิพิธภัณฑ์วัดคุ้งตะเภา ภายใต้คำขวัญ "พิพิธภัณฑ์ของชุมชน โดยชุมชน และเพื่อชุมชน" และวัตถุประสงค์การจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภา ทั้ง 4 ข้อ ดังนี้[1]

1. ส่งเสริม สนับสนุนการศึกษาค้นคว้า ประวัติความเป็นมาของชุมชนท้องถิ่น ศิลปวัตถุ โบราณวัตถุ เครื่องมือ เครื่องใช้ในการดำเนินวิถีชีวิตของบรรพบุรุษหรือบุคคลสำคัญของชุมชนท้องถิ่นบ้านวัดคุ้งตะเภา
2. จัดหาอาคารสถานที่สำหรับจัดเป็นพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภา รวมทั้งการออกแบบอาคารสถานที่ให้มีความเหมาะสมกับเนื้อหา ศิลปวัตถุที่จะจัดแสดง และเหมาะสมกับสภาพพื้นที่ตามความต้องการของชุมชนหรือท้องถิ่น
3. จัดเตรียมข้อมูล รวบรวมศิลปวัตถุ โบราณวัตถุประเภทต่าง ๆ เพื่อการจัดแสดงผลงานภายในพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภา
4. บำรุงรักษาพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภาให้มีสภาพที่สมบูรณ์ดีพร้อมอยู่เสมอ เพื่อเปิดให้ประชาชนและผู้สนใจเข้าเยี่ยมศึกษาค้นคว้าหาความรู้

ปัจจุบันพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดคุ้งตะเภา ดำเนินการโดยใช้งบประมาณทั้งหมดจากศรัทธาของพระสงฆ์และประชาชนในชุมชน