พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติและวิทยาศาสตร์แห่งชาติ (国立科学博物館; Kokuritsu Kagaku Hakubutsukan) เป็นพิพิธภัณฑ์ที่ตั้งอยู่ในสวนอูเอโนะ กรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น พิพิธภัณฑ์เปิดให้เข้าชมในปี ค.ศ. 1871 เคยใช้ชื่อว่า พิพิธภัณฑ์กระทรวงศึกษาธิการ (Ministry of Education Museum), พิพิธภัณฑ์โตเกียว (Tokyo Museum), พิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์โตเกียว (Tokyo Science Museum)[1] ภายในจัดแสดงนิทรรศการถาวรเกี่บวกับประวัติทางธรรมชาติวิทยา ชีววิทยา ธรณีวิทยา และประวัติศาสตร์การค้นคว้าทางวิทยาศาสตร์ในประเทศญี่ปุ่นตั้งแต่ยุคก่อนสมัยเมจิ[2]