นอกจากนี้ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยยังมีหน้าที่ดูแลพิพิธภัณฑ์ที่จัดตั้งขึ้นในส่วนภูมิภาค ได้แก่

พิพิธภัณฑ์พระตำหนักดาราภิรมย์

พิพิธภัณฑ์พระตำหนักดาราภิรมย์ จัดแสดง พระราชประวัติ และพระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ เครื่องใช้ส่วนพระองค์ ของที่ทรงได้รับพระราชทาน รวมทั้ง พระราชหัตถเลขา ระหว่าง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และ พระราชชายาเจ้าดารารัศมี ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความรักระหว่าง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และ เจ้าหญิงแห่งราชวงศ์ฝ่ายเหนือ ที่ได้ทรงดำรงพระอิสริยยศ "พระราชชายา" อันเป็นพระฐานันดรศักดิ์พระมเหสีเทวีพระองค์เดียวในประวัติศาสตร์ไทย

พิพิธภัณฑ์พระจุฑาธุชราชฐาน

พิพิธภัณฑ์พระจุฑาธุชราชฐาน ตั้งอยู่ ณ เกาะสีชัง จังหวัดชลบุรี อดีตเคยเป็นพระราชวังฤดูร้อนในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว หลังจากเหตุการณ์ ร.ศ.112 ก็สิ้นสุดการเป็นเขตพระราชฐาน และมีหน่วยงานราชการต่าง ๆ มาขอใช้พื้นที่ โดยปัจจุบัน จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยขอใช้พื้นที่บางส่วนเพื่อเป็นสถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต และได้เริ่มทำการปรับปรุงพระราชฐานขึ้นใหม่ เพื่อจัดแสดงเป็นพิพิธภัณฑ์ โบราณสถาน และสถานที่ท่องเที่ยวทางประวัติศาสตร์

พิพิธภัณฑ์ชลทัศนสถาน

พิพิธภัณฑ์ชลทัศนสถาน ตั้งอยู่ ณ อำเภอเกาะสีชัง จังหวัดชลบุรี อยู่ในความดูแลของสถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติที่เกี่ยวข้องกับทะเลโดยจัดแสดงข้อมูลพื้นฐานเกี่ยวกับทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมทางทะเลบริเวณหมู่เกาะสีชัง[6]