ตอตตีลงเล่นในทีมเยาวชนของโรมา อยู่ 3 ปี จึงได้เซ็นสัญญาเป็นนักฟุตบอลอาชีพกับสโมสรในปี 1992 และได้ลงเล่นเป็นตัวหลักของทีมในปี 1994 ก่อนจะได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกัปตันทีมในปี 1997 ในวัยเพียง 20 ปี ซึ่งถือว่าเป็นกัปตันทีมที่อายุน้อยที่สุดในประวัติศาสตร์ของทีม เขามีส่วนในการพาทีมคว้าแชมป์อิตาลี หรือ สคูเด็ตโต้ ในปี 2001 โดยลงเล่นไป 30 นัด และยิงได้ 13 ประตู จากความโดดเด่นในการเล่น และการเป็นชาวโรมันโดยกำเนิด ทำให้ ตอตตี ได้รับการยกย่องจากแฟนบอล โรมา ให้เป็นนักเตะสัญลักษณ์ของทีมมาจนถึงปัจจุบัน

ในฐานะกัปตันทีม ตอตตีคือนักเตะที่มีโอกาสสัมผัสถ้วยรางวัลกับทีมมากที่สุด นอกเหนือจากการได้แชมป์อิตาลี ยังมีแชมป์โคปปา อิตาเลีย และ ซูเปอร์โคปปา อิตาเลียนา อย่างละ 2 ครั้ง และในฐานะส่วนบุคคล ตอตตี ได้รับรางวัลนักฟุตบอลแห่งปีของอิตาลี 5 สมัย ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดตลอดกาล รวมถึงรางวัลนักฟุตบอลยอดเยี่ยมของ เซเรียอา 2 สมัย ก็เป็นสถิติสูงสุด (ร่วมกับ กาก้า และ ซลาตัน อิบราฮิโมวิช) เช่นกัน

หนึ่งในช่วงเวลาที่ดีที่สุดในแง่ส่วนบุคคลของตอตตี คือในฤดูกาล 2006-07 โดยเขายิงไป 26 ประตูในเซเรียอา ทำให้เขาคว้ารางวัลดาวซัลโวของ อิตาลี และของยุโรป แม้ว่าตลอดระยะเวลาลงเล่นอาชีพ ตอตตี จะประสบกับอาการบาดเจ็บรบกวนบ่อยครั้ง แต่เขาก็ยังเป็นเจ้าของสถิติลงเล่น และทำประตูมากที่สุดตลอดกาลของทีม ปัจจุบัน ตอตตี ลงเล่นให้ โรมา ในทุกรายการไป 605 นัด และยิงได้ 259 ประตู (นับเฉพาะในลีก ลงเล่น 469 นัด และยิงได้ 204 ประตู)

เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2009 ตอตตีออกมาเปิดเผยว่าเขาได้เซ็นสัญญาฉบับใหม่ระยะยาว 5 ปีกับโรมา โดยสัญญาจะหมดในปี 2014 และมีเงื่อนไขให้เขารับตำแหน่งผู้อำนวยการของทีมต่อไปอีกอย่างน้อย 5 ปี หลังจากที่เขาตัดสินใจเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพไปแล้ว หาก ตอตตี อยู่กับทีมจนครบข้อตกลงดังกล่าว เท่ากับว่าเขาจะใช้ชีวิตอยู่กับ โรมา นานถึง 30 ปีเลยทีเดียว ซึ่งทางสโมสรได้ออกมาแถลงเกี่ยวกับสัญญาดังกล่าวอย่างเป็นการทางในวันที่ 16 ธันวาคม 2009

เมื่อวันที่ 20 มีนาคม 2011 ตอตตีทำได้ 2 ประตู ในเกมที่เสมอกับฟิออเรนตีนา 2-2 ทำให้เขากลายเป็นนักฟุตบอลคนที่ 6 ในประวัติศาสตร์ถัดจากซิลวีโอ ปีโอลา, กุนนาร์ นอร์ดาห์ล, จูเซปเป เมอัซซา, โชเซ่ อัลตาฟีนี และ โรแบร์โต้ บัจโจ ที่สามารถทำประตูใน เซเรียอา ได้ครบ 200 ประตู หลังจากนั้น ตอตตี ก็ยังคงทำประตูอย่างต่อเนื่องมาเรื่อยๆ กระทั่งถึงวันที่ 17 มีนาคม 2013 เขาสามารถยิงประตูได้ถึง 226 ประตูในลีก ทำสถิติเป็นนักเตะที่ยิงประตูได้สูงสุดของ เซเรียอา เป็นอันดับ 2 ตลอดกาล