การดองฟักจานบิน ผลที่มีขนาด 3-5 เซนติเมตร ก็สามารถนำไปดองได้แล้ว แต่ผลที่มีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางใหญ่กว่า 2 เท่าจะเหมาะกับการดองที่สุด โดยไม่จำเป็นต้องปอกเปลือกออก ยกเว้นถ้าเปลือกแข็งและแห้งแล้ว ในการดอง ให้ใช้น้ำส้มสายชูมากกว่าผักที่มีความเปรี้ยวแล้ว เนื่องจากความหวานที่มีอยู๋ในตัวฟักจานบินเอง

ในการนำไปประกอบอาหาร มักใช้ผลที่ใหญ่เต็มที่ โดยสามารถนำไปกวน ยัดไส้ นึ่ง แกง ตุ๋น ลวก หรือ กินสดในสลัดได้[4]