ปี ค.ศ. 1411 โปรตุเกสกับกัสติยาได้ตกลงทำสนธิสัญญาสันติภาพ ฟิลิปปาเริ่มสนับสนุนให้พระสวามีทำสงครามกับชาวมัวร์ พระเจ้าฌูเอาตั้งใจไว้ว่าจะโจมตีเมืองหน้าด่านเซวตาหลังข้ามช่องแคบยิบรอลตาร์เพื่อเข้าสู่ทวีปแอฟริกา ทรงปรึกษากับพระโอรสและทุกคนเห็นชอบร่วมกันกับการออกทำศึก

ฤดูร้อนปี ค.ศ. 1415 กาฬโรคแพร่ระบาดในลิสบอนและโปร์ตู ฟิลิปปาในวัย 55 พรรษาติดเชื้อกาฬโรคต่อมน้ำเหลือง โรคเดียวกับที่เคยพรากพระมารดาไปจากพระองค์ พระเจ้าฌูเอาได้ย้ายฟิลิปปาไปที่คอนแวนต์ออดีแวลัชบนเนินเขาสูงทางตอนเหนือของลิสบอนด้วยความหวังว่าพระนางจะหายจากโรค ฟิลิปปาได้สั่งให้สร้างดาบประดับอัญมณีขึ้นมาสามเล่มเพื่อจะให้พระสวามีแต่งตั้งพระโอรสสามคนแรกของทั้งคู่เป็นอัศวินต่อหน้าพระนาง แต่ไม่นานพระนางก็รู้ตัวว่าคงอยู่ไม่ถึงวันนั้น พระนางจึงขอให้พระเจ้าฌูเอาสัญญาว่าจะแต่งตั้งพระโอรสทั้งสามเป็นอัศวินและมอบดาบทั้งสามให้แก่พระโอรสของพระนาง ทรงให้พรแก่พระโอรสและเรียกอิซาเบลมานั่งข้าง ๆ อิซาเบลจุมพิตมือของพระมารดาและรับพรจากพระนาง กษัตริย์มาถึงและนั่งลงข้างกายพระนาง ไม่ถึงสองอาทิตย์ต่อมาในวันที่ 19 กรกฎาคม ค.ศ. 1415 ฟิลิปปาสิ้นพระชนม์ ร่างของพระองค์ถูกฝังที่อารามบาตัลยาในไลรีอา ราชอาณาจักรโปรตุเกส ที่ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อขอบคุณพระแม่มารีย์ที่ช่วยให้โปรตุเกสคว้าชัยเหนือกัสติยาในสมรภูมิอัลฌูบาโรตาเมื่อปี ค.ศ. 1385 ตามพระประสงค์ของพระเจ้าฌูเอาที่ 1 แห่งโปรตุเกส

พระสวามีของพระองค์สิ้นพระชนม์ในอีก 18 ปีต่อมาในวันที่ 14 สิงหาคม ค.ศ. 1433 ด้วยวัย 77 พรรษาที่ลิสบอน ทรงครองราชสมบัติเป็นเวลา 49 ปี พระองค์มีพินัยกรรมให้ฝังร่างของพระองค์เคียงข้างร่างของฟิลิปปาที่อารามบาตัลยา พระโอรสทั้งสี่คนของทั้งคู่ก็ถูกฝังที่อารามเดียวกัน

ฌูเอา องครักษ์แห่งโปรตุเกส ลอร์ดแห่งรึเก็งกุช พระโอรสของฟิลิปปาสมรสกับอีซาแบลแห่งบาร์แซลุช ส่วนอีซาแบลแห่งโปรตุเกส ธิดาของทั้งคู่อภิเสกสมรสกับพระเจ้าฆวนที่ 2 แห่งกัสติยา และเป็นพระมารดาของสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 1 แห่งกัสติยา พระมารดาของกาตาลินาแห่งอารากอน พระมเหสีคนแรกของพระเจ้าเฮนรีที่ 8