การสมรสระหว่างฟิลิปปากับพระเจ้าฌูเอาที่ 1 แห่งโปรตุเกสเป็นส่วนหนึ่งของการสร้างความเป็นพันธมิตรระหว่างอังกฤษกับโปรตุเกสเพื่อต่อกรกับความเป็นพันธมิตรระหว่างฝรั่งเศสกับกัสติยา บ่าวสาวเข้ารับพรทางศาสนาในอาสนวิหารโปร์ตูเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1387 การฉลองพิธีแต่งงานเกิดขึ้นในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ของปีเดียวกันซึ่งเป็นวันที่ทั้งคู่ได้เจอหน้ากันเป็นครั้งแรก ด้วยวัย 27 พรรษาพระองค์ถือว่าเป็นเจ้าสาวที่อายุมากสำหรับยุคนั้น เนื่องจากสตรีเชื้อพระวงศ์ในสมัยกลางส่วนใหญ่มักสมรสในช่วงปลายวัยรุ่น ฝ่ายพระเจ้าฌูเอาเองก็ไม่เต็มใจที่จะเป็นเจ้าบ่าวเนื่องจากพระองค์มีสนมลับที่มีบุตรนอกสมรสด้วยกันอยู่แล้วสองคน หลังพิธีสมรสพระองค์ทิ้งฟิลิปปากลับไปค่ายทหารเพื่อสานต่อการสู้รบกับกัสติยาที่ค้างคาอยู่ ฟิลิปปาได้รับการบรรยายไว้ว่าเป็นคนสุขุมรอบคอบ, ศรัทธาในศาสนา และสมถะ พระองค์มักจะเดินก้มหน้าก้มตาและห่อไหล่ นักเขียนหลายคนชื่มชนในพระจริยวัตรของพระองค์ ทั้งยังได้รับการชื่นชมว่ามีสีผิวที่ขาว, ผมสีบลอนด์ และดวงตาสีฟ้า

ไม่นานนักฟิลิปปากับพระเจ้าฌูเอาก็อยู่ด้วยกันทุกที่ ทั้งคู่มีครอบครัวที่อบอวลไปด้วยความรักและมีความสุข และมีพระโอรสธิดาด้วยกัน 9 พระองค์ คือ

1. บรังกา (ประสูติ ค.ศ. 1388) สิ้นพระชนม์ในวัยทารก
2. อาฟงซู (ประสูติ ค.ศ. 1390) สิ้นพระชนม์ในวัยเด็ก
3. ดูวาร์ตึ (ประสูติ ค.ศ. 1391) สืบทอดตำแหน่งเป็นกษัตริย์แห่งโปรตุเกสต่อจากพระบิดา
4. เปดรู (ประสูติ ค.ศ. 1392) ดยุคแห่งกูอิงบรา ผู้ทำหน้าที่เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินในช่วงที่พระเจ้าอาฟงซูที่ 5 พระภาติยะอยู่ในวัยเยาว์
5. เอ็งรีกึราชนาวิก (ประสูติ ค.ศ. 1394) ดยุคแห่งวีเซว ผู้นำพาโปรตุเกสเข้าสู่ยุคแห่งการสำรวจ
6. อีซาแบล (ประสูติ ค.ศ. 1397) สมรสกับฟีลิปที่ 3 แห่งบูร์กอญ
7. ฌูเอา (ประสูติ ค.ศ. 1400) องครักษ์แห่งโปรตุเกส ลอร์ดแห่งรึเก็งกุช
8. บรังกา (ประสูติ ค.ศ. 1398) สิ้นพระชนม์ในวัยทารก
9. ฟือร์นังดู (ประสูติ ค.ศ. 1402) เจ้าชายนักบุญ

ฟิลิปปาคอยดูแลเรื่องการศึกษาของพระโอรสธิดาทุกพระองค์ ส่วนพระเจ้าฌูเอาได้สอนลูก ๆ ขี่ม้า, ล่าสัตว์, ฝึกเหยี่ยว และประลองทวน ในช่วงที่พระเจ้าฌูเอาไม่อยู่ พระองค์วางใจให้ฟิลิปปาบริหารราชการแทนพระองค์