ในปี พ.ศ. 2542 ดร.โยฮันเนส เซอร์ยา หัวหน้าทีมฟิสิกส์ของประเทศอินโดนีเซีย และศาสตราจารย์ ดร. วาลเดอร์มาร์ กอร์ซโควสกี ประธานของคณะกรรมการฟิสิกส์โอลิมปิก ได้จัดการแข่งขันฟิสิกส์โอลิมปิกระดับทวีปเอเชียขึ้นเป็นครั้งแรกที่เมืองคาราวาสิ ประเทศอินโดนีเซีย ระหว่างวันที่ 23 เมษายน ถึง 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2543 โดยมีประเทศเข้าร่วมการแข่งขันทั้งหมด 12 ประเทศ ซึ่งได้จัดต่อเนื่องมาทุกๆ ปี โดยประเทศที่เข้าร่วมการแข่งขันอย่างสม่ำเสมอได้แก่ ประเทศออสเตรเลีย ประเทศจีน ประเทศอินเดีย ประเทศอินโดนีเซีย ประเทศอิสราเอล ประเทศคาซัคสถาน ประเทศมาเลเซีย ประเทศมองโกเลีย ประเทศฟิลิปปินส์ ประเทศสิงคโปร์ ประเทศไต้หวัน ประเทศทาจิกิสถาน ประเทศไทย และประเทศเวียดนาม