สโมสรที่เข้าแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานสมเด็จพระจักรพรรดิ 2019 มีจำนวน 88 สโมสร โดยสโมสรจากเจ1 ลีกและเจ2 ลีกจะได้ผ่านเข้าแข่งขันในรอบที่สอง ในขณะที่สโมสรในระดับอื่น ๆ ตั้งแต่เจ3 ลีกลงไปจะต้องแข่งขันในระดับจังหวัดก่อนเพื่อชิงสิทธิ์แข่งขันรอบแรกในฐานะสโมสรชนะเลิศระดับจังหวัด รวมทั้งหมด 47 สโมสร นอกจากนี้ ยังมีสโมสรระดับสมัครเล่นที่ได้รับคัดเลือกให้เข้าแข่งขันอีก 1 สโมสร ได้แก่สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยโฮเซ ซึ่งชนะเลิศการแข่งขันฟุตบอลระหว่างมหาวิทยาลัยในประเทศญี่ปุ่นครั้งที่ 67[6]

สโมสรที่แข่งขันในปี 2019 แสดงในตารางด้านล่างนี้[7] โดยสโมสรฟุตบอลในระดับเจ3 ลีกที่ชนะเลิศระดับจังหวัดจะระบุด้วยเครื่องหมายดอกจัน (*)