ฟุตบอลทีมชาติคีร์กีซสถาน เป็นทีมฟุตบอลตัวแทนจากประเทศคีร์กีซสถาน ภายใต้การดูแลของสหพันธ์ฟุตบอลสาธารณรัฐคีร์กีซ ทีมชาติคีร์กีซสถานเริ่มครั้งแรกภายหลังจากที่ ประเทศคีร์กีซสถานได้แยกตัวออกจากสหภาพโซเวียต โดยเกมแรก แข่งกับทีมชาติอุซเบกิสถาน ในวันที่ 23 สิงหาคม 2535 (ค.ศ. 1992) โดยในปี 2537 (ค.ศ. 1994) ได้เข้าร่วมกับฟีฟ่าและเอเอฟซีทีมชาติคีร์กีซสถานนั้นยังไม่มีผลงานที่โดดเด่นในระดับโลกหรือในระดับเอเชียเท่าใดนัก แต่ในปี 2549 (ค.ศ. 2006) ได้อันดับที่ 3 ในฟุตบอลเอเอฟซีแชลเลนจ์คัพ