เริ่มแรกชาวบัชกีร์เป็นชนเผ่าอูกริกหรือฟินนิก ใช้ภาษาโบลการ์ หลังการรุกรานของชาวมองโกล ภาษาคิปชัคกลายเป็นภาษาที่มีอิทธิพลในบริเวณนี้ไป ภาษาแบชเคียร์ในปัจจุบันมีรากฐานมาจากภาษาคิปชัคมากเช่นเดียวกับภาษาตาตาร์ ภาษานี้ใกล้เคียงกับภาษาตาตาร์ ในอดีตชาวบัชกีร์ใช้ภาษาตาตาร์เป็นภาษาเขียน จนถูกแทนที่ด้วยภาษาชะกะไตเมื่อพุทธศตวรรษที่ 20 และใช้มาจนถึง พ.ศ. 2466 ทั้งภาษาตาตาร์และภาษาชะกะไตเขียนด้วยอักษรอาหรับ

พ.ศ. 2466 มีการออกแบบระบบการเขียนสำหรับภาษาแบชเคียร์ มีการเขียนวรรณคดีด้วยภาษาแบชเคียร์ เริ่มแรกภาษานี้เขียนด้วยอักษรอาหรับดัดแปลง พ.ศ. 2473 เปลี่ยนมาเขียนด้วยอักษรละติน และเปลี่ยนเป็นอักษรซีริลลิก เมื่อ พ.ศ. 2481 อักษรซีริลลิกที่ใช้เป็นแบบเดียวกับภาษารัสเซีย มีอักษรเพิ่มเติมคือ: Ә ә [æ], Ө ө [œ], Ү ү [y], Ғ ғ [ɣ], Ҡ ҡ [q], Ң ң [ŋ], Ҙ ҙ [ð], Ҫ ҫ [θ], Һ һ [h]