ในอดีตพื้นที่ระหว่างเกาะชวากับเกาะสุมาตราเป็นทะเล ต่อมา เมื่อประมาณ 1,000,000 ปีก่อน เปลือกโลกบริเวณนี้ได้แยกตัวออก ส่งผลให้แมกมาและธาตุภูเขาไฟจำนวนมากถูกพ่นออกมา และต่อมาแมกมาก็เย็นลงจับตัวกันเป็นภูเขาใต้น้ำ หลายหมื่นปีต่อมา ธาตุภูเขาไฟเริ่มเย็นตัวลง และจับตัวแข็งอยู่ใต้ทะเลเหนือภูเขาใต้น้ำเหล่านั้น และก็เกิดการทับถมอย่างต่อเนื่องจนกลายเป็นเกาะพ้นน้ำขนาดใหญ่ใกล้เคียงกับเกาะชวากับเกาะสุมาตรา คาดกันว่าภูเขาไฟในยุคนั้นระเบิดออกอย่างรุนแรงจนเกือบจะหายไปทั้งเกาะ โดยส่วนของเกาะที่เหลืออยู่ปัจจุบันเรียกว่า เกาะลัง และเกาะเวอร์ลาเต็น ซึ่งเป็นเกาะที่เรียงรายอยู่รอบ ๆ ภูเขาไฟ อานัก กรากาตัวในปัจจุบันนั่นเอง ภูเขาไฟกรากะตัวในยุคนั้นมักจะเรียกขานกันว่า กรากะตัวโบราณ (ภาษาอังกฤษ : Ancient Krakatoa)[1] โดยหลังจากเหตุการณ์ในยุคนั้นไป ก็มีการประทุของภูเขาไฟบริเวณนี้อีกเป็นครั้งที่สอง โดยครั้งนี้มีภูเขาไฟผุดขึ้นมาจากน้ำถึงสามลูก ซึ่งเป็นต้นกำเนิดของเกาะภูเขาไฟที่กำลังจะทำให้เกิดการระเบิดครั้งสำคัญในปี ค.ศ. 1883

เกาะกรากาตัวในยุคต่อมา เป็นเกาะที่มีแนวเส้นภูเขาไฟพาดผ่านใจกลางเกาะ มีปล่องภูเขาไฟอยู่ด้วยกันบนเกาะรวมทั้งสิ้น 3 ปล่อง คือ ระกาตา อยู่ทิศใต้สุดของเกาะ, ดานัน อยู่กลางเกาะ และเพอร์โบอิวาตัน (เพอร์บัวตัน) อยู่ทางทิศเหนือของเกาะ ระกาตาเป็นปล่องภูเขาไฟที่สูงที่สุดบนเกาะ โดยมีความสูง 820 เมตรเหนือระดับน้ำทะเลปานกลาง หินภูเขาไฟและธาตุภูเขาไฟที่ให้เป็นเกาะที่อุดมสมบูรณ์ เหมาะต่อการเกษตรกรรม เกาะแห่งนี้เริ่มมีมนุษย์มาตั้งถิ่นฐานอยู่เมื่อประมาณ3000ปีก่อนคริสตกาล มนุษย์กลุ่มแรกๆคือเกษตรกรที่มาทดลองถางป่าที่เกาะนี้เพื่อปลูกข้าวและพืชผลอื่น ๆ แล้วได้ผลเป็นที่น่าพอใจ จึงตั้งรกรากอาศัยอยู่บนเกาะ เกาะนี้อยู่ไม่ไกลจากเกาะสุมาตรา ซึ่งเป็นเกาะใหญ่ทางตะวันตกของอินโดนีเซีย ทำให้มีผู้คนมาตั้งรกรากมากขึ้น จนเกาะแห่งนี้กลายเป็นเมืองแห่งหนึ่ง

ภูเขาไฟบนเกาะกรากาตัวได้มีการระเบิดเล็ก ๆ น้อย ๆ หลายครั้ง แต่การระเบิดได้พ่นแร่ธาตุออกมาทำให้เกาะอุดมสมบูรณ์ขึ้น ชาวบ้านจึงไม่ได้ตระหนักถึงภัยอันตรายของภูเขาไฟระเบิด การระเบิดครั้งสุดท้ายก่อนจะเกิดการระเบิดครั้งใหญ่เกิดขึ้นใน พ.ศ. 2224 (ค.ศ. 1681) [2]หลังจากนั้น เกาะกรากาตัวก็สงบไปนานกว่า 200 ปี