มณทิพย์ ศรีรัตนา เกิดเมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2494 สำเร็จการศึกษาชั้นประถมศึกษา จากโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ กรุงเทพมหานคร ชั้นมัธยมศึกษาจากโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสซาเวียร์คอนแวนต์ และโรงเรียนเซนต์โยเซฟคอนเวนต์ กรุงเทพมหานคร ระดับปริญญาตรี สาขาเคมี จากมหาวิทยาลัยมหิดล ระดับปริญญาโท สาขาการบรริหารจัดการสิ่งแวดล้อม จากสถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย และปริญญาเอก สาขาวิศวกรรมเมือง จากมหาวิทยาลัยโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น

ในปี พ.ศ. 2549 เธอได้รับพระราชทานปริญญาปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (การจัดการสิ่งแวดล้อม) จากมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์