มรกต กรเกษม เริ่มรับราชการในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข ในตำแหน่งหัวหน้าหน่วยแพทย์พระราชทานรักษาประชาชน ประจำภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ในปี พ.ศ. 2501 จากนั้นได้รับตำแหน่งหัวหน้าสถานีอนามัย ในอำเภอนางรอง จังหวัดบุรีรัมย์ ต่อจากนั้นได้รับราชการและได้รับการเลื่อนตำแหน่งเรื่อยมาเป็น นายแพทย์อนามัยจังหวัดสมุทรสงคราม นายแพทย์ตรวจราชการสาธารณสุข ผู้อำนวยการกองอนามัยครอบครัว

ต่อมาในปี พ.ศ. 2529 ได้รับตำแหน่งนายแพทย์ใหญ่สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข เป็นรองอธิบดีกรมอนามัย รองปลัดกระทรวงสาธารณสุข และตำแหน่งสุดท้ายก่อนเกษียณอายุราชการ คือ เลขาธิการคณะกรรมการอาหารและยา (อย.)

มรกต กรเกษม ได้ร่วมลงนามทูลเกล้าฯ ถวายฎีกาขอนายกรัฐมนตรีพระราชทาน เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยอ้างอิงความตามมาตรา 7 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540[2]

ในการจัดตั้งรัฐบาลหลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 จึงได้รับตำแหน่งที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข (นายแพทย์มงคล ณ สงขลา)[3] และได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2550