มรกต กรเกษม เกิดเมื่อวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2476 เป็นบุตรของนายชุมพร กับนางแถมสิน กรเกษม[1] สำเร็จการศึกษาแพทย์ศาสตรบัณฑิต จากคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อปี พ.ศ. 2501 และปริญญาโท สาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต จากมหาวิทยาลัยมหิดล ในปี พ.ศ. 2507 ด้านครอบครัวสมรสกับนางวันดี กรเกษม มีบุตร 4 คน คือ นายกุลดิลก กรเกษม นายอลงกรณ์ กรเกษม นายศรันย์ กรเกษม และนางสาวปาริฉัตร กรเกษม