มหากาพย์กู้แผ่นดินเป็นเรื่องราวในช่วงที่กรุงศรีอยุธยาต้อง สูญเสียเอกราชให้แก่อาณาจักรตองอู เมื่อปี พ.ศ. 2112 จนถึงการทำสงครามยุทธหัตถีของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในปี พ.ศ. 2135 โดยดำเนินเนื้อเรื่องผ่านมุมมองของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช[1] ตั้งแต่เมื่อครั้งยังทรงพระเยาว์และถูกนำตัวไปเป็นองค์ประกันที่หงสาวดี ซึ่งพระองค์ได้เรียนรู้ประสบการณ์ชีวิตมากมายจากที่นั่น และเป็นจุดสำคัญในการกอบกู้เอกราชของกรุงศรีอยุธยาให้กลับคืนมาอีกครั้งหนึ่ง

อย่างไรก็ตาม การ์ตูนเรื่องนี้ได้มีการแต่งเติมเนื้อเรื่องบางส่วนเพิ่มเข้าไปเพื่อความสนุกสนานในเรื่อง โดยมีข้อมูลกำกับอยู่ท้ายหนังสือแต่ละเล่มด้วยว่า เหตุการณ์ใดมีอยู่จริง เหตุการณ์ใดเป็นเท็จ เพื่อป้องกันความสับสนของผู้อ่าน