มหากาพย์กู้แผ่นดินแต่ละเล่มจะมีชื่อตอนใหญ่เป็นโครงหลักในการดำเนินเรื่องของเล่มนั้น ซึ่งภายในแบ่งออกตอนย่อยต่างๆ หลายตอน โดยแต่ละเล่มมีชื่อตอนดังนี้

• เล่มที่ 1 องค์ดำแห่งหงสาวดี ว่าด้วยการตกเป็นองค์ประกันต่อหงสาวดีขององค์ดำ การตัดสินใจของพระมหาธรรมราชา มุมมองที่องค์ดำมีต่อสงครามการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 1 และจบที่พระสุพรรณกัลยายอมเป็นองค์ประกันของหงสาวดีแทน เพื่อให้องค์ดำได้กลับมาอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา
• เล่มที่ 2 จิ้งจอก พยัคฆา พญาราชสีห์ แกนหลักในเรื่องว่าด้วยสงครามเมืองคังและจิตใจที่ต้องการกู้เอกราชขององค์ดำ เหตุการณ์สำคัญในเรื่องที่ปรากฏได้แก่ การรบกับพระยาจีนจันตุ การสวรรคตของพระเจ้าบุเรงนอง การพบกันครั้งแรกระหว่างองค์ดำกับนัตจินหน่องหรือพระสังขทัต และการทำสงครามเมืองคัง
• เล่มที่ 3 อิสรภาพสู่แผ่นดิน กล่าวถึงเหตุการณ์กบฏเมืองอังวะ แผนการกำจัดองค์ดำของฝ่ายหงสาวดี การประกาศตัดขาดไม่ขึ้นกับหงสาวดีอีกต่อไปขององค์ดำ และเหตุการณ์พระแสงปืนต้นข้ามแม่น้ำสะโตง
• เล่มที่ 4 แสงดาบปราบศัตรูพ่าย เนื้อหาอยู่ในช่วงสงครามหลังการประกาศอิสรภาพ เมื่อหงสาวดียกทัพตีกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 3 ครูดาบนิรนามขององค์ดำว่าได้เปิดเผยตัวตนว่าเป็นแม่ทัพเอกของหงสาวดี ชื่อ ลักไวทำมู ศึกครั้งนี้กลายเป็นบทเรียนสุดท้ายระหว่างครูกับศิษย์ องค์ดำจึงต้องเอาชนะครูดาบผู้นี้ให้ได้เพื่อไปให้ถึงคำตอบที่ทรงมีอยู่ในใจ
• เล่มที่ 5 มหาสงครามยุทธหัตถี แกนหลักของเรี่องกล่าวถึงเหตุการณ์ยุทธหัตถี