มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร เป็นแนวคิดตั้งแต่สมัยนายสมัคร สุนทรเวช ดำรงตำแหน่งเป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร เพื่อเป็นทางเลือกกับนักศึกษาสามารถศึกษาเกี่ยวกับการบริหารจัดการเมือง ชุมชนเมืองหลวง และเพื่อตอบสนองความต้องการของเมืองหลวง แต่แนวคิดนี้ยังไม่ได้รับการตอบรับที่ดีนัก

ในสมัย นายอภิรักษ์ โกษะโยธิน ดำรงตำแหน่งเป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ได้สานต่อ แนวคิดดังกล่าวอีกครั้ง เนื่องจากกรุงเทพมหานครได้เปิดการศึกษาหลายระดับแล้วในระดับอุดมศึกษา 2 แห่ง คือ วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล และวิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ โดยเน้นแผนการศึกษาวิชาการที่ไม่ซ้ำซ้อนกับมหาวิทยาลัยที่มีอยู่ในประเทศ และเน้นผลิตบุคลากรสาขาวิชาที่ขาดแคลน และเป็นที่ต้องการของกรุงเทพมหานคร โดยได้เสนอ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของกรุงเทพมหานคร พ.ศ.... และคณะรัฐมนตรีได้รับร่างพระราชบัญญัติฯ ไว้ ในวันที่ 12 มิถุนายน 2550 แต่หลังจากมีการปรับเปลี่ยนผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร เรื่องเกี่ยวกับพระราชบัญญัตินี้จึงหยุดนิ่งไป

ในวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 ที่ประชุมคณะรัฐมนตรี เห็นชอบร่างพระราชบัญญัติฯ และได้แก้ไขชื่อพระราชบัญญัติจาก ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของกรุงเทพมหานคร พ.ศ.... เป็น ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร พ.ศ.... ต่อมาในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2553 สภาผ่านร่าง พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร พ.ศ....[3] และในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 127 ตอนที่ 63 ก ได้ประกาศพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2553 โดยมีผลใช้บังคับในวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553[4]

พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2553 มีสาระสำคัญ คือ กำหนดให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร เป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของกรุงเทพมหานคร มีฐานะเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน และกฎหมายว่าด้วยการ ปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณและกฎหมายอื่น โดยให้ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครมีอำนาจหน้าที่กำกับดูแลโดยทั่วไปซึ่งกิจการของมหาวิทยาลัย

ทั้งนี้ ให้โอนภารกิจและงบประมาณของวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล และวิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ ในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ไปเป็นของมหาวิทยาลัยฯภายใน 120 วัน นับแต่วันที่พระราชบัญญัตินี้ใช้บังคับ กำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการเกี่ยวกับการโอนบุคลากรซึ่งสังกัดวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ไปเป็นบุคลากรของมหาวิทยาลัย และกำหนดวิธีการบริหารกิจการของมหาวิทยาลัย

หม่อมราชวงศ์สุขุมพันธุ์ บริพัตร ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครในสมัยต่อมา ได้ขอพระราชทานนามมหาวิทยาลัยว่า "มหาวิทยาลัยภูมิพล" เมื่อเดือนพฤศจิกายน 2552 ต่อมาพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามมหาวิทยาลัยว่า "มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช" เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2554[5] และมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2556[6]

ภายหลังจากจัดตั้งมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชแล้ว ทางมหาวิทยาลัยได้รับภารกิจของวิทยาลัยชุมชนกรุงเทพมหานคร สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ มาเป็นของมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช โดยมีสภามหาวิทยาลัยมีมติจัดตั้งวิทยาลัยชุมชนเมืองแห่งกรุงเทพมหานคร ขึ้นเมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2556 โดยมีเป็นส่วนงานเทียบเท่ากับคณะวิชา และได้ประกาศลงราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2556[7] พร้อมกันนี้กรุงเทพมหานครได้โอนภารกิจของ สถาบันพัฒนาเมือง สังกัดสำนักผังเมือง กรุงเทพมหานครมาจัดตั้งเป็นวิทยาลัยพัฒนามหานครโดยประกาศลงราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2556[7] ต่อมามหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงภาระหน้าที่ของส่วนงานในมหาวิทยาลัย วิทยาลัยชุมชนเมืองแห่งกรุงเทพมหานคร จึงเปลี่ยนชื่อเป็นวิทยาลัยพัฒนาชุมชนเมือง[8]

มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชได้เปิดสอนหลักสูตรเพิ่มเติมขึ้นจากหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และพยาบาลศาสตรบัณฑิต โดยในปีการศึกษา 2557 ได้เริ่มจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิตขึ้นในคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล และเพื่อรองรับการเปิดการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์สุขภาพและการจัดการเรียนการสอนหมวดวิชาศึกษาทั่วไป สภามหาวิทยาลัยจึงอนุมัติการจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพขึ้นภายในมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2560[9]