พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการประกอบพิธีพระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิต คณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์ รุ่นแรกของมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช ในวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2559 ณ อาคารใหม่สวนอัมพร พระราชวังดุสิต ลานพระบรมรูปทรงม้า แขวงดุสิต เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร

ปัจจุบันพระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการประกอบพิธีพระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิตมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช ณ หอประชุมนวมภูมินทร์ เขตดุสิต วชิราวุธวิทยาลัย กรุงเทพมหานคร ตั้งแต่ปีการศึกษา 2559 เป็นต้นมา โดยในปีการศึกษา 2559 มีบัณฑิตแพทย์ที่สำเร็จการศึกษาจากคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล เข้ารับพระราชทานปริญญาบัตรกับมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชเป็นรุ่นแรก จากที่ก่อนหน้านี้เข้าร่วมรับพระราชทานปริญญาบัตรพร้อมกับมหาวิทยาลัยมหิดลในฐานะสถาบันสมทบและสถาบันร่วมผลิตแพทย์ของมหาวิทยาลัยมหิดล

ในปีการศึกษา 2560 สภามหาวิทยาลัยฯ ได้อนุมติปริญญาวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต จากวิทยาลัยพัฒนามหานคร ถือเป็นมหาบัณฑิตจากมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชเป็นรุ่นแรก