มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิก พัฒนาการมาจากโรงเรียนพยาบาลของโรงพยาบาลมิชชั่น ซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2484 เพื่อผลิตพยาบาลให้แก่โรงพยาบาลมิชชั่น แต่ต้องมายุติการเรียนการสอนลงในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง กระทั่งปี พ.ศ. 2490 ได้เปิดทำการสอนอีกครั้ง และได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัย ให้จัดตั้งเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชน เมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2529 โดยใช้ชื่อว่า "วิทยาลัยมิชชั่น" จัดการเรียนการสอนคณะพยาบาลศาสตร์ มีสถานที่ตั้งอยู่ที่ถนนพิษณุโลก เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร จนในปี พ.ศ. 2533 จึงได้ขยายพื้นที่ออกไปยังอำเภอมวกเหล็ก จังหวัดสระบุรี และเปิดทำการสอนคณะบริหารธุรกิจ เพิ่มเติมอีกคณะหนึ่ง

ในปี พ.ศ. 2540 วิทยาลัยเซาท์อีสเอเชียยูเนียน (Southeast Asia Union College) ประเทศสิงคโปร์ ได้ย้ายเข้ามารวมกับวิทยาลัยมิชชั่น วิทยาเขตมวกเหล็ก เพื่อให้เป็นสถาบันอุดมศึกษานานาชาติในภาคพื้นเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

กระทั่งเมื่อวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2552 สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ได้อนุมัติให้วิทยาลัยมิชชั่น เป็นประเภทเป็น มหาวิทยาลัยมิชชั่น[2] และอนุมัติให้เปลี่ยนชื่อเป็น "มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิก"[3] ในคราวเดียวกัน