มหาวิทยาลัยฟาฏอนี[1] เป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนอิสลามแห่งแรกในประเทศไทย จัดตั้งขึ้นโดยนักวิชาการอิสลามและผู้ทรงคุณวุฒิด้านอิสลามศึกษาในภูมิภาค ซึ่งมีเจตนารมณ์ในการส่งเสริมและพัฒนาด้านอิสลามศึกษาและศาสตร์อื่นๆ สอนตามแนวทางกิตาบุ้ลลอฮฺและซุนนะห์มหาวิทยาลัยฟาฏอนี จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2541 มีชื่อว่า "วิทยาลัยอิสลามยะลา" ภายหลังเป็น "มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา" โดยมูลนิธิเพื่อการอุดมศึกษาอิสลามภาคใต้ เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ระดับปริญญาตรี จำนวน 200 คน ใน 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาชะรีอะฮุ (กฎหมายอิสลาม) และสาขาวิชาอุศูลุดดีน (หลักการศาสนาอิสลาม) ซึ่งมหาวิทยาลัยฟาฏอนี ได้รับการสนับสนุนงบประมาณด้านอาคาร และสิ่งก่อสร้างจากธนาคารอิสลามเพื่อการพัฒนา (LDB)ต่อมาได้เปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2550[2] และเปลี่ยนชื่อเป็น "มหาวิทยาลัยฟาฏอนี" ในวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2556[1]