มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ตั้งอยู่ที่บ้านปารามีแต ตำบลบุดี อำเภอเมือง จังหวัดยะลา บนเนื้อที่ 43 ไร่ ห่างจากตัวเมืองยะลาบนเส้นทางสายยะลาเบตง และสายยะลารามันประมาณ 7 กิโลเมตร ประกอบด้วยอาคารต่างๆ ซึ่งได้รับเงินสนับสนุนการก่อสร้างจากธนาคารอิสลามเพื่อการพัฒนา ประเทศซาอุดิอาระเบีย (IDB) ทั้งหมด 6 อาคาร ได้แก่ อาคารมัสยิด อาคารเรียน อาคารหอพัก 3 หลัง นับเป็นวิทยาเขตแรกที่วิทยาลัยได้ดำเนินการเปิดสอนระดับอุดมศึกษา ปัจจุบันวิทยาเขตยะลา เป็นที่ตั้งของสถาบันภาษานานาชาติ

มหาวิทยาลัยอิสลามยะลาเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนที่มีจุดมุ่งหมาย เพื่อเป็นแหล่งความรู้ด้านอิสลามและสาขาวิชาอื่นๆ ผลิตบัณฑิตในสาขาวิชาที่ตรงกับความต้องการของสังคม โดยมุ่งเน้นบัณฑิตที่จบจากวิทยาลัยจะต้องมีคุณธรรมและจริยธรรมที่เป็นแบบอย่างที่ดีต่อสังคม สร้างความเข้าใจอันดี ความกลมเกลียว ความร่วมมือระหว่างคนในชาติ และแก้ปัญหาต่างๆโดยสันติวิธี

ความคิดที่จะดำเนินการจัดตั้งสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษามีขึ้นโดยกลุ่มนักศึกษาที่กำลังศึกษาระดับปริญญาโท และปริญญาเอกในประเทศ ซาอุดิอาราเบีย นำโดย นายอิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา นาย อิสมาแอ อาลี นายอับดุลฮาลิม ไซซิง นาย ญิฮาด บูงอตาหยง นาย มูฮำหมัด หะยีสาอิ นายอาหมัดอุมาร์ จะปะเกีย โดยเห็นว่าสังคมมุสลิมในประเทศไทยมีความจำเป็นที่จะต้องมีสถาบันอุดมศึกษาอิสลามเพื่อทำหน้าที่ผลิตบัณฑิตให้มีความรู้คู่คุณธรรม อันเป็นรากฐานสำคัญสู่ความก้าวหน้าและมีความสงบสันติดังเจตนารมณ์ของอิสลามสืบต่อไป

ด้วยแนวคิดของกลุ่มนักศึกษาเหล่านี้ ได้รับการสนับสนุนจากบุคคลบางคนในประเทศซาอุดิอาระเบีย เช่น นาย อับดุลลอฮฺ อัลบูซีย์ ช่างแกะสลักแหวนตามบาทวิถีในนครริยาด และได้บริจาคเงินรายได้จากการทำงานผ่าน นายอิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา จำนวน 30,000 เรียล (ประมาณ 210,000 บาท) และเงินจำนวนนี้ได้ดำเนินการจัดซื้อที่ดินโดยคณะกรรมการก่อตั้งโครงการวิทยาลัยอิสลามเอกชนภาคใต้ จำนวน 70 ไร่ 32 ตารางวา ณ บ้านโสร่ง ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี เพื่อเป็นสถานที่ก่อตั้งวิทยาลัย[3]

มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ได้ดำเนินการจัดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี โดยรับนักศึกษารุ่นแรก จำนวน 200 คน เมื่อปี พ.ศ. 2541 ใน 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาชะรีอะฮฺ(กฎหมายอิสลาม) และ สาขาวิชาอุศูลุดดีน(หลักการศาสนาอิสลาม) 8-9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 มหาวิทยาลัยได้จัดวันสถาปนาวิทยาลัยขึ้นเพื่อประกาศถึงการก่อตั้งสถาบันอุดมศึกษาอิสลามเอกชนแห่งแรกในประเทศไทยอย่างเป็นทางการ โดยมีเจ้าชายอมีรตุรกี บินฟัฮด บินญัลวี อาลิซูอูด ประธานองค์การสงเคราะห์มุสลิมนานาชาติ ให้เกียรติเสด็จเป็นประธานในพิธี ฯพณฯ วันมูหะมัดนอร์ มะทา นายกสภามหาวิทยาลัยอิสลามยะลา และประธานรัฐสภา (ตำแหน่งในขณะนั้น) เป็นประธานจัดงาน

ปี พ.ศ. 2544 มหาวิทยาลัยอิสลามยะลาได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาการสอนอิสลามศึกษา จากทบวงมหาวิทยาลัย โดยมีนักศึกษารุ่นแรก จำนวน 49 คน

ปี พ.ศ. 2545 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษาอาหรับ

ปี พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์

วันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา วิทยาเขตปัตตานี ได้วางศิลารากฐาน 2 อาคาร คือ อาคารวิทยบริการและอาคารเศรษฐศาสตร์และการจัดการ โดยมีอุปทูตคูเวตประจำประเทศไทยเป็นประธานในพิธี และ ฯพณฯ วันมูหะมัดนอร์ มะทา รองนายกรัฐมนตรี ในฐานะนายกสภามหาวิทยาลัยให้การต้อนรับพร้อมด้วยแขกผู้มีเกียรติอย่างคับคั่ง

วันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2546 จัดพิธีประสาทปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาประจำปีการศึกษา 2002 จำนวน 249 คน โดยมีท่านจุฬาราชมนตรี นายสวาสดิ์ สุมาลยศักดิ์ เป็นประธานในพิธี

วันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2547 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินพร้อมด้วยหม่อมศรีรัศมิ์ มหิดล ณ อยุธยา ทรงเปิดมหาวิทยาลัยอิสลามยะลาวิทยาเขตปัตตานีอย่างเป็นทางการ โดยมีคณะผู้บริหาร คณาจารย์ บุคลากรมหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ข้าราชการ หน่วยงานภาครัฐ เอกชน และประชาชนทั่วไป พร้อมใจร่วมให้การรับเสด็จฯ และได้รับเกียรติจากท่านจุฬาราชมนตรีได้เดินทางมาร่วมพิธีเปิดในครั้งนี้ด้วย

ในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2547 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรเศรษฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์การเงินและการธนาคาร และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ (หลักสูตรนานาชาติ) จากทบวงมหาวิทยาลัย

ในปี พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชะรีอะฮฺ และสาขาวิชาประวัติศาตร์และอารยธรรมอิสลาม และได้รับความเห็นชอบจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

ในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ และหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษาอังกฤษ (หลักสูตรนานาชาติ) จากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยอิสลามยะลาได้ย้ายหน่วยงาน ส่วนใหญ่ไปตั้งที่วิทยาเขตปัตตานี ซึ่งตั้งอยู่ ณ หมู่ที่ 3 บ้านโสร่ง ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี บนที่ดินจำนวน 283 ไร่ ประกอบด้วย สำนักงานอธิการบดี คณะอิสลามศึกษา คณะศิลปศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มัสยิดฮารอมัยน์ สำนักวิทยบริการ สำนักบริการการศึกษา สำนักกิจการนักศึกษา และอาคารหอประชุมวันมูหะมัดนอร์ มะทา

วันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาให้ เปลี่ยนประเภทจากวิทยาลัยอิสลามยะลาเป็น มหาวิทยาลัย อิสลามยะลาอย่างเป็นทางการ และ ได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอิสลามศึกษา และศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษามลายู (หลักสูตรนานาชาติ)ปี พ.ศ. 2551 สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรบริหารธุรกิจ สาขาวิชาการจัดการ

ในปี พ.ศ. 2551 สภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้เปิด หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิตสาขาวิชาภาษาอาหรับและวรรณคดี และหลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิตสา ขาวิชาการปกครองในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2552 สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเคมีประยุกต์[4]