ได้เริ่มมีการจัดการศึกษาเพื่อฝึกหัดครู ตั้งแต่ พ.ศ. 2435 โดยโรงเรียนฝึกหัดครูแห่งแรก คือ "โรงเรียนฝึกหัดอาจารย์" ต่อมา ทางกระทรวงธรรมการได้ดำเนินการจัดตั้งการฝึกหัดครูในหัวเมืองขึ้นในมณฑลกรุงเก่า เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2448 โดยใช้ชื่อโรงเรียนว่า “ โรงเรียนฝึกหัดครูเมืองกรุงเก่า ” ตั้งอยู่ที่หลังพระราชวังจันทรเกษม โดยมีจุดประสงค์เพื่อฝึกหัดครูมูลสามัญ

ในปี พ.ศ. 2467 ได้มีการจัดตั้ง "โรงเรียนฝึกหัดครูมูลกสิกรรม" ณ ตำหนักเพนียด มณฑลกรุงเก่าอีกแห่งหนึ่ง เพื่อฝึกหัดครูกสิกรรมสอนวิชาวิสามัญ การฝึกหัดครูกสิกรรมกับการฝึกหัดครูมูลสามัญเป็นการฝึกหัดครูในระดับเดียวกัน แต่ได้แยกกันเรียนคนละแห่งนั้นเนื่องจากการฝึกหัดครูมูลกสิกรรมจำเป็นต้องมีสถานที่สำหรับฝึกหัดทำการกสิกรรมด้วยซึ่งบริเวณหลังพระราชวังจันทรเกษมไม่มีสถานที่นั่นเอง

ต่อมา พ.ศ. 2475 ได้มีการยุบ "โรงเรียนฝึกหัดครูเมืองกรุงเก่า" ลง ดังนั้น การฝึกหัดครูจึงรวมอยู่ใน "โรงเรียนฝึกหัดครูมูล" ตำหนักเพนียดเพียงแห่งเดียว โดยใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนฝึกหัดครูมูลฝึกหัดครูประกาศนียบัตร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา" และในปี พ.ศ. 2479 ทางราชการเห็นสมควรให้ย้ายโรงเรียนฝึกหัดครูมูลฝึกหัดครูประกาศนียบัตร จากตำหนักเพนียดไปอยู่ในกรมทหารหัวแหลม เพราะมีสถานที่เหมาะสมกว่า โดยแยกเป็น "โรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา" และ "โรงเรียนฝึกหัดครูสตรีประกาศนียบัตร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา" และเปิดทำการเรียนการสอน เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2479

ได้มีการย้ายโรงเรียนออกจากกรมทหาร โดยโรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ได้ย้ายไปสร้างอยู่ในที่ราชพัสดุติดกับวัดวรโพธิ์ ส่วนโรงเรียนฝึกหัดครูสตรี ย้ายไปอยู่ที่ ตำบลหอรัตนไชย อำเภอพระนครศรีอยุธยา โดยในปี พ.ศ. 2491 โรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัด พระนครศรีอยุธยา ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนฝึกหัดครู พระนครศรีอยุธยา"

จนกระทั่ง พ.ศ. 2509 โรงเรียนฝึกหัดครูพระนครศรีอยุธยา ได้ย้ายสถานที่ตั้งมาอยู่ ณ ที่ตั้งปัจจุบัน พร้อมทั้งได้รับกสนยกฐานะขึ้นเป็น " วิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยา" โดยโรงเรียนสตรีฝึกหัดครูพระนครศรีอยุธยาได้ถูกยุบรวมเข้ามาสังกัดวิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยา ตั้งแต่ พ.ศ. 2511 เป็นต้นมา

เมื่อปี พ.ศ. 2538 ได้มี พ.ร.บ.สถาบันราชภัฏ โดยพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรได้พระราชทานนาม "ราชภัฏ" ให้เป็นชื่อใหม่ของวิทยาลัยครูทั่วประเทศ ทำให้วิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยา เปลี่ยนชื่อเป็น "สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา" และปี พ.ศ. 2547 สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ได้ยกฐานะขึ้นเป็น "มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา"