จุดเริ่มต้นของการก่อตั้งมหาวิทยาลัยเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 1865 (พ.ศ. 2408) โดยสภามณฑลสต็อกโฮล์มต้องการที่จะก่อตั้งสถาบันการศึกษาระดับสูงในเมืองหลวงของประเทศ ในปี ค.ศ. 1969 ได้จัดตั้ง Stockholm University College Association เพื่อที่จะสานต่อการจัดตั้งและมีพันธกิจคือจะไม่ล้มเลิกจนกว่ามหาวิทยาลัยจะถูกก่อตั้งขึ้นและดำเนินการต่อไปในอนาคตได้

ในปี ค.ศ. 1877 ได้มีการบันทึกข้อตกลงการก่อตั้งมหาวิทยาลัยในเดือนพฤษภาคม และมีการทำการสอนครั้งแรกในครั้งแรกในฤดูใบไม้ผลิในปีถัดไป

ในปี ค.ศ. 1878 เริ่มมีการสอนในสาขาวิชาวิทยาศาสตร์ธรรมชาติให้กับประชาชนที่สนใจ หนี่งในประวัติที่น่าสนใจในช่วงแรกเริ่มของการก่อตั้งมหาวิทยาลัยได้มีการแต่งตั้ง โซเฟีย คาวาเลฟสกายา (Sofia Kavalevskaya)[4] ให้เป็นคณบดีคณะคณิตศาสตร์ในปี ค.ศ. 1889 โซเฟีย เป็นสตรีนักคณิตศาสตร์ที่มีความสามารถไม่แพ้บุรุษแต่ในยุคที่ความสามารถทางวิชาการได้ถูกกีดกันให้อยู่เฉพาะในกลุ่มผู้ชาย การที่มหาวิทยาลัยแต่งตั้งเธอ ทำให้โซเฟียกลายเป็นสตรีคนที่ 3 ที่ดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ในระดับมหาวิทยาลัยในยุโรป

ปี ค.ศ. 1904 มหาวิทยาลัยได้เริ่มมีการประสาทปริญญาทางการศึกษาอย่างเป็นทางการ ที่ตั้งของมหาวิทยาลัยเริ่มแรกตั้งอยู่ในใจกลางกรุงสต็อกโฮล์ม แต่ต่อมามีการเรียนการสอนที่มากขึ้นทำให้พื้นที่ที่มีอยู่แคบลง ในปี ค.ศ. 1970 ได้มีการย้ายที่ทำการไปยังสถานที่ใหม่ทางทิศเหนือของกรุงสต็อกโฮล์มที่กว้างขวางกว่าเดิม และได้ใช้เป็นที่ตั้งของมหาวิทยาลัยมาจนถึงปัจจุบัน