ในปี 2017 มหาวิทยาลัยสต็อกโฮล์มถูกจัดอยู่ในอันดับที่ 74 ของโลก จากการจัดอันดับโดย Academic Ranking of World Universities หรือ ARWU ของมหาวิทยาลัยเซี่ยงไฮ้เจียวทง

การจัดอันดับโดย The Times Higher Education หรือ THE ในปี 2018 มหาวิทยาลัยสต็อกโฮล์มถูกจัดอยู่ในอันดับ 134 ของมหาวิทยาลัยทั่วโลก[6]

การจัดลำดับโดย QS World University Ranking อยู่ในลำดับภาพรวมที่ 200 เมื่อแยกตามสาขาจะอยู่ในอันดับที่ 65 ในสาขาสังคมวิทยา อันดับที่ 150 ในสาขาวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ อันดับที่ 235 ในสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพและการแพทย์ อันดับที่ 107 ในสาขาศิลปและมนุษยศาสตร์ อันดับที่ 261 ในสาขาวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยี[7]