จุดเด่นของมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดที่แตกต่างจากโรงเรียนชั้นนำอื่น ๆ คือ เป็นโรงเรียนที่มีชื่อเสียงทั้งในทางวิชาการและในด้านการกีฬา สแตนฟอร์ดอยู่ใน NCAA Division I-A อยู่ในแปซิฟิก-เทน และชนะเลิศการใน 70 รายการนับแต่ปี 1980 เป็นต้นมา และได้รางวัลถ้วย Director’s cup ซึ่งมอบให้กับมหาวิทยาลัยที่ประสบความสำเร็จสูงสุดในด้านการกีฬา เป็นเวลา 11 ปีติดต่อกันจากทั้งหมด 12 ปี ตั้งแต่ปี 1990 ถึง 2004 นักกีฬาของสแตนฟอร์ด ได้เหรียญรางวัลกีฬาโอลิมปิก 47 เหรียญ และชนะเลิศในระดับวิทยาลัย (NCAA Championship) 39 ครั้ง

มหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดมีคู่แข่งในทางกีฬา คือ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ โดยทุก ๆ ปีจะมีการแข่งขันกีฬาอเมริกันฟุตบอลกัน ชื่อว่า The Big Game ในวันอาทิตย์ของเดือนพฤศจิกายน ในช่วงสัปดาห์นั้นจะมีกิจกรรมเกี่ยวกับ Big Game ไปตลอดสัปดาห์