มหาวิทยาลัยเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กในสายตาชาวรัสเซียจัดว่าเป็นมหาวิทยาลัยที่มีความโดดเด่นด้านวิชาการเทียบเท่ามหาวิทยาลัยมอสโก โดยในช่วงสงครามเย็น มหาวิทยาลัยได้ส่งนักวิชาการจำนวนมากไปปักหลักทำวิจัยที่มหาวิทยาลัยมอสโกตามการบริหารประเทศของสตาลินที่ต้องการสร้างอำนาจในวงการวิชาการโลก

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กอยู่ในอันดับที่ 240[2] จากอันดับมหาวิทยาลัยโลกของ QS World University Rankings ปี ค.ศ. 2013-2014 คณะด้านวิทยาศาสตร์มีความโดดเด่นเป็นอย่างมากจนจัดตั้งแยกออกเป็นคณะ ได้แก่ คณะเคมี คณะคณิตศาสตร์และกลศาสตร์ คณะฟิสิกส์ คณะสายสังคมศาสตร์ที่มีชื่อเสียง ได่แก่ คณะนิติศาสตร์ คณะวารสารศาสตร์ โรงเรียนความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ คณะรัฐศาสตร์ คณะภาษาศาสตร์ คณะปรัชญา และคณะเศรษฐศาสตร์ เป็นต้น