มหาวิทยาลัยเซนต์ปีเตอส์เบิร์ก ประกอบด้วย คณะวิชา จำนวน 22 คณะ สถาบันวิจัย จำนวน 13 แห่ง โรงเรียนด้านการทหาร โรงเรียนวิชาการร่วมสมัย และกรมกายภาพการกีฬา ครั้งสมัยยังอยู่ภายใต้การปกครองของสหภาพโซเวียต มหาวิทยาลัยเซนต์ปีเตอส์เบิร์กเคยใช้ชื่อว่า มหาวิทยาลัยเลนินกราด (Ленинградский государственный университет) และเปลี่ยนมาใช้ชื่อปัจจุบันในปี ค.ศ. 1990