มหาวิทยาลัยฟรีดริช ชิลเลอร์ แห่งเยนา (เยอรมัน: Friedrich-Schiller-Universität Jena) หรือเรียกอย่างย่อว่า มหาวิทยาลัยเยนา เป็นสถาบันอุดมศึกษาของรัฐ ตั้งอยู่ในเมืองเยนา รัฐทือริงเงิน ประเทศเยอรมนี มหาวิทยาลัยแห่งนี้ก่อตั้งในปีค.ศ. 1558 ด้วยดำริของโยฮัน ฟรีดริชที่ 1 เจ้าผู้คัดเลือกแห่งซัคเซิน ถือเป็นหนึ่งในสิบมหาวิทยาลัยที่เก่าแก่ที่สุดของเยอรมนี ตั้งชื่อตามนักกวีและนักปรัชญาฟรีดริช ชิลเลอร์ ซึ่งเคยเป็นอาจารย์วิชาปรัชญาที่มหาวิทยาลัยแห่งนี้ในคริสต์ศตวรรษที่ 19 ชิลเลอร์มีส่วนดึงดูดเหล่านักปรัชญาแถวหน้ามาที่เยนาอย่างคับคั่ง นักปรัชญาชื่อดังแห่งยุคคนอื่นๆที่เคยสอนที่นี่ อาทิ โยฮัน ก็อทลีพ ฟิชเทอ, เกออร์ค วิลเฮ็ล์ม ฟรีดริช เฮเกิล, ฟรีดริช วิลเฮ็ล์ม โยเซฟ เชลลิง และฟรีดริช ชเลเกิล เป็นต้น นับว่าเป็นสถาบันการศึกษาศูนย์กลางแห่งยุคศิลปะจินตนิยม(Romanticism)ตอนต้นในเยอรมนีในปี ค.ศ. 2014 มหาวิทยาลัยมีนักศึกษาราว 19,000 คน และอาจารย์ 375 คน