เอดินบะระเป็นหนึ่งในสี่มหาวิทยาลัยเก่าแก่ของสกอตแลนด์ ซึ่งประกอบไปด้วย มหาวิทยาลัยเซนต์แอนดริวส์, มหาวิทยาลัยกลาสโกว์, มหาวิทยาลัยอเบอร์ดีน, และ มหาวิทยาลัยเอดินบะระ (เรียงตามความเก่าแก่จากมากไปน้อย) ก่อตั้งเมื่อปี ค.ศ. 1583 ในช่วงแห่งการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วของเมืองเอดินบะระ และนับเป็นมหาวิทยาลัยแรก ที่เงินทุนสนับสนุนมาจากสภาเมือง (แทนที่จะเป็นจากโบสถ์ดังเช่นมหาวิทยาลัยทั่วไปในสมัยนั้น). สาขาวิชาแรกที่เปิดสอนคือ กายวิภาคศาสตร์ และวิชาที่ต่อมาได้พัฒนากลายเป็นวิชาศัลยกรรม จากนั้นก็ได้ขยายการเรียนการสอนไปสู่สาขาอื่น ๆ อาคารหลังแรกของมหาวิทยาลัย คือ โอลด์คอลเลจ (Old College) ตั้งอยู่บนถนนเซาท์บริดจ์ บริเวณเมืองเก่า (โอลด์ทาวน์; Old town) ของเมือง (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของคณะนิติศาสตร์ และสำนักงานฝ่ายบริหารของมหาวิทยาลัย)

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมีหลักสูตรครอบคลุมเกือบทุกสาขาวิชา ยกเว้นด้านเกษตรกรรม (วิทยาลัยเกษตรกรรมสก็อต มีอาคารตั้งอยู่ในบริเวณวิทยาเขตคิงส์บิลดิ้งของมหาวิทยาลัย แต่ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัย) และมีสำนักวิชาวิทยาการสารสนเทศที่ใหญ่มาก โดยเป็นหนึ่งในผู้นำของโลกในสาขานี้ โดยเฉพาะด้านปัญญาประดิษฐ์, ภาษาศาสตร์เชิงคำนวณ, ชีววิทยาระบบ, และวิทยาการคอมพิวเตอร์เชิงทฤษฎี