มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์มีวิทยาเขตหลักสามแห่งในใจกลางเมือง (ท้องที่อำเภอแมนเชสเตอร์) ได้แก่[24]

• วิทยาเขตถนนแซควิลล์ (Sackville Street Campus) ตั้งที่ถนนแซควิลล์ วิทยาเขตนี้เป็นส่วนที่อยู่ใกล้ใจกลางเมืองที่สุด
• วิทยาเขตถนนออกซฟอร์ด (Oxford Road Campus) ตั้งที่ถนนออกซฟอร์ด

ทั้งสองวิทยาเขตมีมหาวิทยาลัยนครแมนเชสเตอร์ (Manchester Metropolitan University) และอาคารที่มิใช่ส่วนงานของมหาวิทยาลัยคั่นกลาง นอกจากนี้ ยังมีวิทยาเขตฟอลโลว์ฟีลด์ (Fallowfield Campus) ตั้งห่างจากวิทยาเขตทั้งสองลงไป 3 กิโลเมตร ใช้เป็นที่ตั้งหอพักนักศึกษาและอาจารย์

นอกจากที่ตั้งทั้งสามแห่งในเขตจังหวัดแมนเชสเตอร์แล้ว มหาวิทยาลัยยังมีหอดูดาวจอร์เดรลล์ แบงก์ (Jordrell Bank Observatory) ที่จังหวัดเชชเชอร์ และศูนย์การประชุมที่ตำบลมอสตัน อำเภอแมนเชสเตอร์ จังหวัดแมนเชสเตอร์[25]