มหาวิทยาลัยแห่งชาติออสเตรเลียก่อตั้งเมื่อ ค.ศ. 1946 โดยรัฐบาลออสเตรเลีย ในฐานะเป็นมหาวิทยาลัยของประเทศที่ทุ่มเทในด้านการวิจัยเป็นหลัก อันปรากฏอยู่ในภารกิจของมหาลัยที่จะพัฒนาการวิจัยระดับหลังปริญญาตรี เพื่อสนองตอบต่อและที่มีความเกี่ยวข้องกับสาขาที่มีความสำคัญต่อออสเตรเลียในด้านต่างๆ ในปี ค.ศ. 1960 มหาวิทยาลัยได้ขยายการเรียนการสอนให้ครอบคลุมระดับปริญญาตรี โดยควบรวมกับ Canberra University College อย่างไรก็ตาม มหาวิทยาลัยคงแยกการดำเนินงานของทั้งสองส่วนต่อไป โดยให้สถาบันการศึกษาขั้นสูง (Institute of Advanced Studies) เน้นการวิจัยและการศึกษาระดับหลังปริญญาตรีต่อไป และให้คณะต่าง ๆ จัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรีเป็นส่วนใหญ่ นอกจากนั้น ยังจัดตั้งวิทยาลัย และศูนย์การศึกษาเฉพาะทางขึ้นอีกหลายแห่งในภายหลังเช่นกัน มหาวิทยาลัยแห่งชาติออสเตรเลียเป็นมหาวิทยลัยแห่งเดียวในประเทศที่มีธรรมนูญและโครงสร้าง ซึ่งกำหนดตามพระราชบัญญัติแห่งสภาเครือจักรภพ (Act of the Commonwealth Parliament) ซึ่งต่างจากมหาวิทยาลัยของรัฐแห่งอื่นที่จัดตั้งตามรัฐบัญญัติของแต่ละรัฐหรือสภารัฐเท่านั้น