มหาวิหารแซ็ง-เดอนีเป็นที่ฝังพระศพของพระมหากษัตริย์ฝรั่งเศสและพระราชวงศ์เป็นเวลาหลายร้อยปีจนได้รับการขนานนามว่าเป็น “สุสานหลวงแห่งฝรั่งเศส” (Royal necropolis of France) ตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 10 จนกระทั่งปี ค.ศ. 1789 พระมหากษัตริย์ฝรั่งเศสทุกพระองค์ยกเว้นสามพระองค์ก็ได้รับการบรรจุที่นี่ พระมหากษัตริย์บางพระองค์เช่นพระเจ้าโคลวิสที่ 1 (ค.ศ. 465-ค.ศ. 511) ถูกบรรจุที่อื่นมาก่อนที่นำมาไว้ที่แซ็ง-เดอนี

แอบบีย์มีอนุสรณ์ของพระมหากษัตริย์และพระราชินีที่งดงามมากมายแต่มาถูกทำลายไปเสียมากระหว่างการปฏิวัติฝรั่งเศส ระหว่างการปฏิวัตินักปฏิวัติก็เปิดที่เก็บพระศพต่าง ๆ ภายในมหาวิหารและนำร่างของผู้ที่ถูกบรรจุอยู่ภายในออกไปโยนทิ้งในหลุมใหญ่สองหลุมนอกโบสถ์ อเล็กซานเดอร์ เลอนัวร์ นักโบราณคดีช่วยรักษาที่บรรจุพระศพไว้ได้บ้างโดยอ้างว่าเป็นงานศิลปะสำหรับการสะสมส่วนตัวของตนเองที่ถูกนำไปเก็บไว้ในอนุสาวรีย์ประวัติศาสตร์แห่งฝรั่งเศส (Monument historique)

จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 เปิดมหาวิหารขึ้นอีกครั้งหนึ่งในปีค.ศ. 1806 แต่ก็มิได้ทำอะไรกับพระร่างที่ถูกฝังไว้ในหลุมใหญ่ ระหว่างที่ประทับอยู่ที่เกาะเอลบา ราชวงศ์บูร์บองฟื้นฟูก็สั่งให้หาพระศพของพระเจ้าหลุยส์ที่ 16และพระนางมารี อ็องตัวแนต มีบางส่วนที่พบที่สันนิษฐานกันว่าเป็นของพระองค์และกอบสีเทาที่มีสายรัดถุงเท้าสตรีพบเมื่อวันที่ 21 มกราคม ค.ศ. 1815 ที่ถูกนำมาฝังไว้ในคริพท์ ในปี ค.ศ. 1817 หลุมศพใหญ่ที่พระศพถูกโยนลงไปก็ได้รับการเปิดขึ้นแต่ก็ไม่สามารถบอกได้ว่าใครเป็นใครจากกองกระดูก กระดูกเหล่านี้จึงถูกนำมาไว้ในชาเปลบรรจุกระดูก (ossuary) ภายในคริพท์

เมื่อพระเจ้าหลุยส์ที่ 18 เสด็จสวรรคตในปี ค.ศ. 1824 พระศพก็ถูกฝังกลางคริพท์ใกล้กับพระศพพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 และพระนางมารี อ็องตัวแนต โลงพระศพของพระบรมวงศานุวงศ์ที่สิ้นพระชนม์ระหว่าง ค.ศ. 1815 ถึงปี ค.ศ. 1830 ก็ถูกบรรจุในคริพท์ด้วย ภายใต้การนำของเออแฌน วียอแล-เลอ-ดุก อนุสรณ์ต่าง ๆ ที่ถูกนำไปเก็บไว้ในอนุสาวรีย์ประวัติศาสตร์แห่งฝรั่งเศสก็ได้รับการนำกลับมายังมหาวิหาร และพระเจ้าหลุยส์ที่ 7 ผู้ถูกฝังไว้ที่อารามแซ็งปองต์ซึ่งมิได้ถูกทำลายก็ถูกนำกลับมายังมหาวิหาร ในปี ค.ศ. 2004 พระหทัย (หัวใจ) ของมกุฎราชกุมารที่ถ้าได้ขึ้นครองราชย์ก็จะเป็นพระเจ้าหลุยส์ที่ 17 ก็ได้การบรรจุไว้ในผนังของคริพท์