เฟต/สเตย์ไนต์ เป็นเรื่องราวที่กล่าวถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในช่วงชีวิตของ เอมิยะ ชิโร่ นักเรียนช่างประจำวิทยาลัยโฮมุระบาระ ในเมืองฟุยูกิ สิบปีก่อนเขาได้ตกอยู่ท่ามกลางกองเพลิงขนาดมหึมาที่เผาผลาญเมืองและพรากครอบครัวอันเป็นที่รักของเขาไป ในขณะที่เขาอยู่กึ่งกลางระหว่างความเป็นความตาย ได้มีบุรุษลึกลับคนหนึ่งมาช่วยเขาไว้ เขาคือ เอมิยะ คิริซึงุ ซึ่งต่อมาเขาก็รับชิโร่มาเป็นบุตรบุญธรรม และอาศัยอยู่ที่บ้านคิริซึงุในเมืองฟุยูกิอย่างสงบสุข คืนหนึ่ง ในระหว่างที่พวกเขากำลังพูดคุยกันถึงเรื่องต่างๆ คิริซึงุก็ได้เปิดเผยความลับบางอย่างให้กับลูกชายของเขาว่า

นอกจากที่จะได้รู้ความลับเรื่องนี้แล้ว เขายังได้รู้ถึงความเป็นมาต่างๆ ของพ่อบุญธรรมของเขาคนนี้ และยังได้ทราบถึงชีวิตอันล้มเหลวในอุดมการณ์ในการดำเนินชีวิตในเส้นทางของ "ผู้ผดุงคุณธรรม" (ญี่ปุ่น: 正義の味方 โรมาจิ: Seigi no Mikata) หรือผู้ที่คอยปกป้องผู้บริสุทธิ์และผู้ที่อ่อนแอกว่า อย่างไร้ซึ่งการตอบแทน ชิโร่จึงขอให้คิริซึงุสอนเชิงเวท (ญี่ปุ่น: 魔術 โรมาจิ: Majutsu) ให้กับเขาบ้าง อย่างไรก็ตาม ชิโร่ผู้ซึ่งไม่มีประสบการณ์ในการใช้เวทมนตร์มาก่อน ย่อมทำให้เขาใช้เวทมนตร์ทั่วไปไม่ได้ คิริซึงุจึงได้เตือนเขาว่าเส้นทางแห่งการเป็นจอมเวทนั้นจะนำพาหายนะมาสู่ตัวเขาเอง แต่เพราะว่าชิโร่ต้องการที่จะช่วยเหลือผู้บริสุทธิ์ เขาจึงได้สอนเวทเสริมความแข็งแกร่งให้กับวัตถุไว้ในขั้นพื้นฐานเท่านั้น หลังจากที่คิริซึงุเสียชีวิต ชิโร่ก็ต้องพบกับทางตัน คือเขาไม่สามารถพัฒนาเชิงเวทของเขาได้เลยตามที่เขาหวังไว้ว่าเขาจะทำได้เพื่อที่จะนำไปใช้ช่วยเหลือผู้อื่นเหมือนกับที่พ่อของเขาทำ

สิ่งหนึ่งที่ชิโร่ไม่เคยรู้มาก่อนเลยคือเมืองฟุยูกิที่เขาอาศัยอยู่นั้นได้ถูกจัดเตรียมไว้เพื่อเป็นสนามรบระหว่างจอมเวททั้งเจ็ดอย่างลับๆ ซึ่งจอมเวททั้งเจ็ดคนที่เข้ามาร่วมจะต้องเสี่ยงชีวิตเพื่อแย่งชิงจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่สามารถประทานทุกสิ่งทุกอย่างที่ต้องการได้ ซึ่งสงครามจะเริ่มต้นทุกๆ 50 ปี อย่างครั้งล่าสุดคือสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งที่ 4 เมื่อ 16 ปีก่อนก็ได้เป็นชนวนทำให้เกิดสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งที่ 5 ขึ้นมาอีกภายในเวลา 10 ปีโดยหาสาเหตุไม่ได้ จอมเวทที่เข้าร่วมสงครามทุกคนนั้นจะถูกขนานนามว่า "มาสเตอร์" ผู้ซึ่งควบคุมวิญญานที่อยู่ในฐานะ "ข้ารับใช้" เพื่อใช้ในการต่อสู้ในสงคราม ซึ่งวิญญานเหล่านั้นคือวิญญานของเหล่าวีรชนในแต่ละยุคสมัยของโลก ซึ่งเป็นที่แน่นอนว่าวิญญานของวีรชน (ญี่ปุ่น: 英霊 โรมาจิ: Eirei) แต่ละคนนั้นย่อมมีความสามารถพิเศษเฉพาะตัว หรือที่เรียกว่า "โนเบิล แฟตาซึ่ม" (ญี่ปุ่น: 宝具 โรมาจิ: Hogu) ซึ่งมันจะเป็นสิ่งที่บ่งบอกถึงตัวตนที่แท้จริงของข้ารับใช้แต่ละคนนั้นด้วย และมันจะทำให้คู่ต่อสู้ทราบถึงจุดอ่อนของข้ารับใช้คนนั้นๆ ทันที การอัญเชิญข้ารับใช้ของมาสเตอร์แต่ละคนนั้นจะมีแตกต่างกันไป ซึ่งบางกรณีจะเกี่ยวข้องกับสื่อที่ใช้อัญเชิญ และความคิดความต้องการของมาสเตอร์ ซึ่งถ้าหากมาสเตอร์คนไหนมีความคิดเดียวกันกับวีรชนคนใด วีรชนคนนั้นก็จะมาเป็นข้ารับใช้ให้กับมาสเตอร์คนนั้นๆ ซึ่งในแต่ละครั้งของสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ข้ารับใช้จะถูกอัญเชิญออกมาจาก 1 ใน 7 ประเภทคือ เซเบอร์, อาเชอร์ , แลนเซอร์, เบอเซิร์กเกอร์, ไรเดอร์, แอสซาซิน และ แคสเตอร์

ข้ารับใช้ต้องอาศัยมานา (ญี่ปุ่น: 魔力 โรมาจิ: Maryoku) จากมาสเตอร์เพื่อการคงสภาพอยู่บนโลก ส่วนมาสเตอร์เองก็ต้องการกำลังการต่อสู้จากข้ารับใช้และด้วยเหตุผลที่ว่าจอกศักดิ์สิทธิ์เป็นสิ่งที่มนุษย์ไม่สามารถจับต้องได้ เว้นแต่ข้ารับใช้เท่านั้นที่สามารถสัมผัสจอกได้ และจอกศักดิ์สิทธิ์จะปรากฏออกมาได้ ก็ต้องอาศัยการอัญเชิญจากมาสเตอร์ด้วยเช่นกัน จึงทำให้ข้ารับใช้และมาสเตอร์ต้องร่วมมือกันต่อสู้กับมาสเตอร์และข้ารับใช้คนอื่นๆ ซึ่งถ้าหากข้ารับใช้เกิดการขัดขืนต่อมาสเตอร์ มาสเตอร์จะมี "คำสั่งมนตรา" (ญี่ปุ่น: 令呪 โรมาจิ: Reiju) ไว้คอยควบคุมข้ารับใช้ ให้ทำในสิ่งที่มาสเตอร์ต้องการทุกอย่าง ซึ่งจะมีลักษณะเป็นลวดลายต่างๆ อยู่บนข้อมือของมาสเตอร์ทุกคน เว้นเสียแต่บางในกรณีของมาสเตอร์บางคนที่ไม่มีลายมนตราบนข้อมือ แต่จะมีอยู่บนสื่ออัญเชิญข้ารับใช้แทน นอกจากจะเอาไว้คอยควบคุมข้ารับใช้แล้ว มันยังเป็นสิ่งที่ยืนยันถึงการที่จะมีสิทธิในการครอบครองจอกศักดิ์สิทธิ์ด้วย หากมาสเตอร์คนใดสูญเสียข้ารับใช้ไปแล้ว สามารถที่จะทำสัญญากับข้ารับใช้ตนใหม่หากลายมนตรายังไม่ถูกใช้จนหมดไปหรือถูกทำลายลง ซึ่งถ้าหากไม่มีลายมนตราเหลืออยู่แล้ว มาสเตอร์ที่ไร้ลายมนตราสามารถไปขอรับการคุ้มครองจากผู้คุมกฎที่โบสถ์ประจำเมืองได้

เย็นวันหนึ่ง หลังจากที่ชิโร่ทำความสะอาดโรงฝึกยิงธนูของโรงเรียนเรียบร้อยแล้ว เขาก็ได้พบเห็นการต่อสู้ระหว่างข้ารับใช้สายอาเชอร์และแลนเซอร์อย่างบังเอิญ แลนเซอร์จึงทำการฆ่าปิดปากเขาเพื่อไม่ให้ความลับเรื่องสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์รั่วไหลไปสู่คนทั่วไป ต่อมามาสเตอร์ของอาเชอร์ โทซากะ ริน ได้ช่วยเหลือเขาไว้โดยการใช้อัญมณีชุบชีวิตเขาขึ้นมา เมื่อชิโร่ตื่นขึ้นมาอีกทีก็พบว่าตัวเองรอดตายมาได้และนอนสลบอยู่ในโรงเรียน เขาจึงรีบเดินทางกลับบ้าน แต่แล้วก็ถูกแลนเซอร์ที่รู้ว่าเขายังไม่ตายมาไล่เอาชีวิตอีกครั้ง ชิโร่ซึ่งไม่มีพละกำลังพอที่จะต่อกรกับข้ารับใช้ซึ่งเป็นวีรชนในตำนานได้เลย จึงทำได้แต่ป้องกันตัวและหลบหนีเขาไปหลบในห้องเก็บของในสวนบ้านเขา ทันใดนั้นก็มีลายมนตราปรากฏขึ้นที่มือเขาในขณะที่เขากำลังหลบหนีไปซ่อนตัวในห้องเก็บของ สถานการณ์เลวร้ายลงทุกทีเมื่อแลนเซอร์หาเขาพบและจะสังหารเขาอีกครั้ง ทันใดนั้นได้มีหญิงสาวในชุดเกราะสีเงินปรากฏตัวออกมาซัดแลนเซอร์กระเด็นออกไป และหันมาถามชิโร่ว่า...