ประมาณ 1 พันปีต่อมา หลังจากยุคสมัยของฟาโรห์คาเฟรที่มหาสฟิงซ์ถูกสร้างขึ้น มหาสฟิงซ์ถูกพายุทรายพัดทับถมจนเหลือให้เห็นเพียงส่วนหัว เล่ากันว่ามีเทพเจ้ามาเข้าฝัน เจ้าชายธุตโมส บอกให้พระองค์นำทรายที่ทับถมมหาสฟิงซ์ออก หากทำตามจะส่งผลให้ พระองค์ได้เป็นฟาโรห์ที่ยิ่งใหญ่ มหาสฟิงซ์ จึงได้รับการดูแลรักษาเป็นครั้งแรก

เจ้าชายธุตโมสนี้ ต่อมาได้ขึ้นครองอียิปต์เป็น ฟาโรห์ธุตโมซิสที่ 4 (Thutmosis IV) แห่งราชวงศ์ที่ 18 นับเป็นฟาโรห์ที่ยิ่งใหญ่พระองค์หนึ่ง หลังยุคสมัยของฟาโรห์ธุสโมซิสที่ 4 ในเวลาต่อมา มหาสฟิงซ์ ก็ถูกทรายทับถมอีก และได้รับการดูแลรักษาขึ้นมาใหม่ จนเห็นเต็มตัวในปัจจุบัน

ปัจจุบันใบหน้ามหาสฟิงซ์ ถูกทำลายจนแทบสังเกตรายละเอียดไม่ออก ร่ำลือกันว่า เกิดจากทหารของ นโปเลียน ที่มาอียิปต์ช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 18 ใช้ใบหน้าของมหาสฟิงซ์ เป็นเป้าซ้อมยิงปืน ทำให้รูปงูแผ่แม่เบี้ยที่หน้าผากชำรุดเสียหาย จมูกแหว่ง และเคราหลุด อย่างไรก็ตามจากหลักฐานภาพวาดเก่าแก่เมื่อ 400 ปีก่อน พบว่าจมูกของมหาสฟิงซ์ชำรุด ตั้งแต่ตอนนั้นแล้ว และมีบันทึกของอาหรับว่า ใบหน้าสฟิงซ์ถูกทำลาย ในคริสต์ศตวรรษที่ 14 ซึ่งเป็นเวลาก่อนหน้ายุคสมัยของ นโปเลียน หลายร้อยปี

นอกจากนี้ยังร่ำลือกันว่า ชิ้นส่วนของจมูกและเครามหาสฟิงซ์ ถูกนำไปเก็บรักษาไว้ที่ พิพิธภัณฑ์อังกฤษ กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ และทางการอียิปต์ ได้พยายามดำเนินการทวงถาม เพื่อนำกลับคืนประเทศอียิปต์แต่ยังไม่เป็นผล เรื่องชิ้นส่วนจมูกและเคราของมหาสฟิงซ์นั้น ความจริงปรากฏว่า ปัจจุบัน พิพิธภัณฑ์อังกฤษ ได้เก็บรักษา "ส่วนหนึ่ง" ของ เครามหาสฟิงซ์ ที่มีความยาวประมาณ 78 เซนติเมตรเอาไว้