กลุ่มนักร้องย่อยต่าง ๆ ในกลุ่มมอร์นิงมูซูเมะตั้งแต่อดีตถึงปัจจุบัน (พ.ศ. 2550) มีดังนี้

• ทัมโปโปะ
• เพททีโมนิ (พุคจิโมนิ)
• มินิโมนิ

กลุ่มแยก

• มอร์นิงมูซูเมะ ซากูระกูมิ
• มอร์นิงมูซูเมะ โอโตเมะกูมิ

กลุ่มพิเศษ

• มอร์นิงมูซูเมะ ทันโจ 10 เน็งคิเน็นไต

สมาชิกของมอร์นิงมูซูเมะ นอกจากจะได้สัมผัสกับการทำงานในกลุ่มย่อยเหล่านี้แล้ว พวกเธอยังถูกนำไปเข้าร่วมกับกลุ่มอื่น ๆ นอกมอร์นิงมูซูเมะภายใต้สังกัดเฮลโล! โปรเจกต์ อีกด้วย โดยไม่ว่าจะก่อนหรือหลัง ‘สำเร็จการศึกษา’ พวกเธอก็จะได้รับโอกาสเช่นนี้อย่างเท่าเทียมกัน