มอลตาแอร์เดิมมีแผนที่จะให้บริการเที่ยวบินสู่จุดหมายปลายทาง 66 แห่งจากฐานการบินที่ท่าอากาศยานนานาชาติมอลตา ในปี 2020[13] โดยนอกเหนือจากเส้นทางที่ดำเนินงานต่อจากไรอันแอร์แล้ว ยังได้เปิดเส้นทางบินเพิ่มสู่จุดหมายปลายทางในแพฟอส บรินดิซี ตราปานี ตรีเยสเต นีช และซานเตียโกเดกอมโปสเตลา[14] มอลตาแอร์จะให้บริการเที่ยวบินสู่ดับลินและเวียนนาตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 2020[15] ปัจจุบันมอลตาแอร์ให้บริการเที่ยวบินจาก/สู่ท่าอากาศยานมิลาโนแบร์กาโมเป็นหลัก[ต้องการอ้างอิง] และให้บริการจากฐานการบินของไรอันแอร์ในอิตาลี เยอรมนี โรมาเนีย ฝรั่งเศส และบางส่วนในสวีเดนภายใต้ไรอันแอร์