ในวันที่ 9 มิถุนายน ค.ศ. 2019 ไรอันแอร์ประกาศถึงความร่วมมือกับรัฐบาลมอลตาที่จะจัดตั้งสายการบินลูกแห่งใหม่ในประเทศด้วยชื่อ มอลตาแอร์ ซึ่งจะให้บริการเที่ยวบินสู่จุดหมายปลายทาง 61 แห่งของไรอันแอร์จากมอลตาด้วยฝูงบินหกลำ โดยเครื่องบินทั้งหมดในฝูงบินจะจดทะเบียนในมอลตาพร้อมกับการสร้างโรงเก็บเครื่องบินที่ท่าอากาศยานนานาชาติมอลตา[6][7] ไรอันแอร์จะโอนย้ายการดำเนินงานทั้งหมดในประเทศมอลตาให้กับสายการบินใหม่นี้ อีกทั้งยังมีแผนที่จะเพิ่มฝูงบินจากโบอิง 737-800 จำนวน 6 ลำเป็น 10 ลำพร้อมกับติดชื่อมอลตาแอร์บนฝูงบินภายในกลางปี 2020[8]

ในวันที่ 20 กันยายน ค.ศ. 2019 ได้มีรายงานถึงการพบเครื่องบินของไรอันแอร์ที่มีข้อความ "operated by Malta Air" ติดอยู่บริเวณส่วนหัวของเครื่องบินที่ท่าอากาศยานลอนดอนสแตนสเต็ด[9] และมีรายงานในลักษณะนี้จนถึงปลายเดือนกันยายน ค.ศ. 2019 รวมถึงมีรายงานเกี่ยวกับคู่มือความปลอดภัยบนเครื่องบินและการประกาศบนเครื่องบินที่เปลี่ยนแปลงไป[10] อย่างไรก็ตามยังคงไม่มีการประกาศยังเป็นทางการจากสายการบิน

ในช่วงเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2020 เมื่อมอลตาแอร์ได้รับผลกระทบจากการระบาดทั่วของโควิด-19 สายการบินจำเป็นต้องลดจำนวนนักบินและพนักงานต้อนรับบนเครื่องบินเป็นจำนวนมาก หลังจากเดิมที่เสนอลดเงินเดือนพนักงานลง 10%[11] นักบิน 20 คนและพนักงานต้อนรับ 40 คนจากทั้งหมด 179 คนถูกยกเลิกสัญญาจ้างในวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 2020

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2021 มอลตาแอร์รับมอบโบอิง 737 แมกซ์ 200 ลำแรก เครื่องบินลำดังกล่าว (ทะเบียน 9H-VUE) เป็นเครื่องบินลำแรกที่สวมลวดลายมอลตาแอร์แบบเต็ม[12] และเป็นเครื่องบินที่มอลตาแอร์ได้รับมอบจากบริษัทผู้ผลิตโดยตรง ในขณะที่โบอิง 737-800 ลำก่อนๆ ได้โอนย้ายมาจากไรอันแอร์