ค.ศ. 1237 เมืองมอสโกก็ถูกสร้างขึ้นมาใหม่โดยเป็นเมืองของรัฐอิสระโดยเจ้าชาย ยูรี ดาลการุสกี การอยู่ริมฝั่งแม่น้ำวอลกาช่วยให้มอสโกขยายตัวอย่างรวดเร็ว ค.ศ. 1380 ชาวมอสโกได้เป็นแกนนำในการปลดปล่อยรัสเซียจากมองโกล ค.ศ. 1480 พระเจ้าซาร์อีวานที่ 3 ได้ปลดปล่อยรัสเซียจากการปกครองของเผ่า ตาตาร์ และย้ายเมืองหลวงของประเทศมายังมอสโก

ค.ศ. 1712 พระเจ้าซาร์ปีเตอร์มหาราชได้ย้ายเมืองหลวงไปยังเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก มอสโกได้เผชิญกับการปิดล้อมโดยกองทัพของนโปเลียน โบนาปาร์ต ในปี ค.ศ. 1812 แต่นโปเลียนต้องถอยทัพกลับไปเนื่องจากทนความหนาวเย็นไม่ได้

หลังจากการปฏิวัติรัสเซีย ใน ค.ศ. 1917 เลนินได้ย้ายเมืองหลวงกลับมายังมอสโกเมื่อวันที่ 10 มีนาคม ค.ศ. 1918 ซึ่งยังคงเป็นเมืองหลวงมาจนถึงปัจจุบัน

มอสโกเผชิญการปิดล้อมอีกครั้งจากนาซีเยอรมันระหว่างสงครามโลกครั้งที่สองในปี ค.ศ. 1941 และยังเป็นสถานที่จัดกีฬาโอลิมปิก ในปี ค.ศ. 1980